结论：公司长期实行996工作制，并且只支付1倍的加班费是不合法的。

分析如下：

1. 关于996工作制：

   • 996工作制指的是每周工作6天，每天工作9小时，即每周工作54小时。根据我国《劳动法》的规定，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时。因此，996工作制明显超出了法定工作时间。

2. 关于加班费：

   • 根据《劳动法》第四十四条的规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
     • 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
     • 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
     • 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
   • 在996工作制下，劳动者每天多工作1小时（假设原本每天工作8小时），这部分时间应视为延长工作时间，公司应支付不低于工资150%的加班费。如果这多出的1小时是在休息日（如周六）工作的，且公司不能安排补休，则应支付不低于工资200%的加班费。因此，公司只支付1倍的加班费显然是不符合法律规定的。

3. 法律后果：

   • 如果公司长期实行996工作制且只支付1倍加班费，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司支付应得的加班费，并可能要求公司改正违法行为。
   • 在极端情况下，如果公司的违法行为严重损害了劳动者的权益，劳动者还可以考虑解除劳动合同并要求公司支付经济补偿。

建议：

• 如果你所在的公司长期实行996工作制且只支付1倍加班费，建议你先与公司进行沟通，明确表达你的诉求和法律依据。
• 如果沟通无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
• 在整个过程中，记得保留好相关证据，如工作记录、加班通知、工资条等，以便在需要时提供证明。

如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。