结论：底薪1100元、加班费1000元是否合法，不能一概而论，需要结合具体的加班时长、工资支付周期以及当地的最低工资标准等因素来综合判断。

分析：

1. 最低工资标准：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位支付给劳动者的工资不得低于当地的最低工资标准。如果底薪1100元低于当地的最低工资标准，那么这种工资结构显然是不合法的。

2. 加班费计算：

   • 加班费是根据劳动者在正常工作时间之外的加班时长来计算的。根据《劳动法》的规定，工作日加班的工资应不低于工资的百分之一百五十；休息日加班又不能安排补休的，工资应不低于工资的百分之二百；法定节假日加班的，工资应不低于工资的百分之三百。
   • 假设底薪1100元是劳动者在正常工作时间内应得的工资，那么加班费1000元是否合法，就需要看这1000元是否按照上述规定的比例，根据实际的加班时长来计算得出的。如果加班时长和加班费的比例不符合法律规定，那么这种加班费支付方式就是不合法的。

3. 工资总额与构成：

   • 劳动者的工资总额应包括底薪、加班费、奖金、津贴等所有收入。在判断底薪和加班费是否合法时，还需要考虑劳动者的实际工资总额是否与其工作付出相匹配，以及是否符合行业内的普遍水平。

具体计算与判断（以一个月为例，假设当地最低工资标准为1500元/月，且劳动者存在加班情况）：

• 情况一：若劳动者底薪1100元，但加班时长很少，加班费1000元中大部分为奖金或津贴等非加班性质收入，且整体工资总额不低于最低工资标准，同时加班费计算也符合法律规定，那么这种工资结构可能是合法的。但这种情况较为特殊，因为通常加班费不会占据工资总额的如此大比例，除非加班时长非常长且加班费计算标准非常高。

• 情况二：若劳动者底薪1100元低于最低工资标准，或者加班时长较多但加班费计算不符合法律规定（如未按照法定比例支付），那么这种工资结构就是不合法的。例如，如果劳动者一个月加班了40小时（假设为工作日加班），按照底薪1100元计算，其小时工资约为6.25元（1100元/176小时，假设一个月工作天数为22天，每天8小时），那么加班费应为\(6.25元/小时\times40小时\times150\%=375元\)，远低于1000元中的加班费部分（如果这1000元全部为加班费的话），但如果这1000元加班费中包含了休息日或法定节假日的加班费，且计算比例符合法律规定，同时底薪加上加班费等总收入不低于最低工资标准，则可能合法，但需具体核算。然而，若底薪本身就低于最低工资标准，则无论加班费多少，都是不合法的。

建议：

• 劳动者应首先了解当地的最低工资标准，并核对自己的工资条或收入明细，确保底薪不低于最低工资标准。
• 对于加班费，劳动者应了解自己的加班时长和加班费计算方式，确保加班费按照法律规定支付。
• 如果劳动者对工资结构有疑问或认为自己的权益受到侵害，可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助。

有问题可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。