结论：公司用底薪发加班工资一般是不合法的。

法律背景与解释：

1. 加班工资的计算基数：

   • 根据《劳动法》及相关规定，加班工资的计算基数通常应为劳动者本人的日工资或小时工资，而非底薪。日工资和小时工资的计算方式一般依据劳动合同约定的工资标准，若未约定或约定不明确，则可参照集体合同或同岗位同工种工资标准确定。
   • 底薪通常是劳动者在正常工作时间内应得的固定工资部分，它并不等同于加班工资的计算基数。加班工资是对劳动者在正常工作时间外提供劳动的额外补偿，因此其计算基数应能反映劳动者在正常工作时间的劳动价值，并在此基础上进行适当提高。

2. 加班工资的支付标准：

   • 根据《劳动法》第四十四条，加班工资的支付标准根据加班时间的不同而有所区别。工作日加班的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日加班又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日加班的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
   • 这些支付标准是基于劳动者正常工作时间的工资标准来计算的，如果公司仅用底薪来计算加班工资，显然无法满足上述支付标准的要求。

3. 公司的违法行为及后果：

   • 如果公司用底薪发加班工资，这实际上是在降低劳动者的加班工资支付标准，从而侵犯了劳动者的合法权益。劳动者有权要求公司按照法定标准支付加班工资，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的权益。
   • 对于公司的违法行为，劳动监察部门有权对其进行处罚，包括责令改正、罚款等。同时，公司还可能面临因违法行为而引发的劳动争议和诉讼风险。

法律建议：

• 如果你发现公司用底薪发加班工资，首先应与公司进行沟通协商，要求公司按照法定标准支付加班工资。
• 如果公司拒绝改正或协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的权益。
• 在投诉或申请劳动仲裁时，你需要提供相关的证据材料，如劳动合同、工资条、加班记录等，以证明公司存在违法行为。

可能法律后果：

• 如果公司被认定存在用底薪发加班工资的违法行为，除了需要补发加班工资外，还可能面临劳动监察部门的罚款等行政处罚。
• 同时，公司还可能因违法行为而引发劳动争议和诉讼风险，需要承担相应的法律责任和赔偿义务。