结论：公司按劳动合同规定的底薪算加班费是否合法，需分情况讨论，主要取决于劳动合同或相关规定的具体内容以及是否符合法律法规的要求。

一、合法情况

1. 劳动合同明确约定且符合法规：

   • 如果劳动合同中明确约定了加班工资的计算基数，并且该基数不低于当地最低工资标准，同时该约定是双方真实意思的表示，那么按照合同约定的方式计算加班费是合法的。这里的基数可以包括基本工资、岗位工资等，但需确保是劳动者正常工作时间的应得工资的一部分，且不低于法定最低标准。

2. 集体合同有约定且合规：

   • 在劳动合同没有约定的情况下，如果集体合同中明确了加班费的计算基数，且该基数符合法律法规要求，同样可以按照集体合同的约定执行。

3. 制度规定且员工同意：

   • 用人单位依法制定的工资支付制度中明确规定了加班工资的计算基数，并且该制度已经通过民主程序制定并向员工公示，员工在知晓且未提出异议的情况下，该制度也可作为计算加班费的依据。但同样需确保计算基数不低于法定标准。

二、不合法情况

1. 仅按底薪计算且低于应得工资：

   • 底薪通常只是劳动者基本工资的一部分，往往不包括绩效奖金、津贴、补贴等其他形式的收入。如果公司仅以底薪作为加班费的计算基数，且该底薪低于劳动者正常工作时间的应得工资，那么这种做法是不合法的。因为根据《劳动法》的规定，加班费应以劳动者的应得工资为计算基数。

2. 计算基数低于当地最低工资标准：

   • 无论劳动合同或集体合同如何约定，加班费的计算基数都不得低于当地最低工资标准。如果公司按底薪计算的加班费低于这一标准，那么也是违法的。

三、加班费的合理计算方式

企业在计算加班费时，应遵循以下原则和方法：

1. 确定计算基数：

   • 加班费的计算基数应为劳动者的应得工资，包括基本工资、绩效奖金、津贴、补贴等各项收入。具体计算时，可根据劳动合同或集体合同中的约定来确定，但需确保不低于法定最低标准。

2. 按照法定倍数计算：

   • 根据加班的不同情形（如工作日加班、休息日加班、法定节假日加班），分别按照法律规定的倍数（150%、200%、300%）来计算加班费。具体计算公式如下：
     • 工作日加班：小时加班工资标准 = 劳动合同规定的月工资标准 ÷（月计薪天数21.75×8小时）× 150%。
     • 休息日加班：小时加班工资标准 = 劳动合同规定的月工资标准 ÷（月计薪天数21.75×8小时）× 200%。
     • 法定休假日加班：小时加班工资标准 = 劳动合同规定的月工资标准 ÷（月计薪天数21.75×8小时）× 300%。

四、维权途径

如果公司存在违法计算加班费的情况，劳动者可以通过以下途径维护自己的权益：

1. 与公司协商：

   • 首先尝试与公司沟通，要求按照法律规定支付加班费。

2. 向劳动监察部门投诉：

   • 若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。

3. 申请劳动仲裁：

   • 在必要时，劳动者可向劳动仲裁机构申请仲裁，要求公司支付拖欠的加班工资及相应赔偿。

总结与建议：公司按劳动合同规定的底薪算加班费是否合法，需根据具体情况判断。劳动者应了解自己的权益，并在面临问题时采取适当的维权措施。如果对公司计算加班费的方式有疑问或不满，建议直接向我咨询，以便更准确地评估情况并采取相应的法律行动。