结论：底薪5000元，周六加班费按照2500元计算，一般是不合法的。具体分析如下：

法律背景

根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：

1. 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
2. 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
3. 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

周六属于休息日，如果用人单位安排劳动者在周六工作且不能安排补休，那么应当支付不低于工资的百分之二百的工资报酬作为加班费。

加班费计算

1. 日工资计算：

   • 假设一个月的工作日为21.75天（这是根据国家规定的工作日计算方式得出的平均值），则日工资为：\(日工资 = \frac{底薪}{21.75} = \frac{5000}{21.75} \approx 229.89元\)

2. 周六加班费计算：

   • 根据劳动法规定，周六加班费应为日工资的两倍，即：\(周六加班费 = 日工资 \times 2 = 229.89 \times 2 \approx 459.77元\)
   • 如果一个月有4个周六，则整月的周六加班费应为：\(整月周六加班费 = 459.77 \times 4 = 1839.08元\)

对比用户情况

用户提到周六加班费按照2500元计算，但按照上述计算方式，整月的周六加班费应为1839.08元（假设一个月有4个周六），显然2500元高于这个数值在单次加班的情况下（即如果只算一个周六的加班费，2500元远高于应得的459.77元），但如果是作为整月或多次周六加班的总额，且没有其他补休安排，则按照底薪5000元来推算，2500元作为整月周六加班费总额是偏低的，不符合法律规定的“不低于工资的百分之二百”的标准（除非该月周六加班次数少于通常情况，或者底薪中已包含部分加班费用等特殊情况，但这需要具体合同条款来支持）。在常规理解下，即一个月4个周六且无补休的情况下，按照底薪5000元来计算，周六加班费总额按照2500元给是不合法的，因为它低于应支付的加班费总额。

建议

1. 核对劳动合同：首先，建议劳动者核对自己的劳动合同，看合同中是否有关于加班费的特殊约定。如果合同中有明确且合法的约定，那么按照合同执行。
2. 与用人单位沟通：如果合同中没有明确约定或者约定不合法，劳动者可以与用人单位沟通，要求按照法律规定支付加班费。
3. 寻求法律援助：如果沟通无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉或者寻求法律援助，以维护自己的合法权益。

综上所述，底薪5000元，周六加班费按照2500元计算，在常规理解下（即一个月4个周六且无补休）是不合法的。劳动者有权要求用人单位按照法律规定支付加班费。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。