结论：在计算五一加班两天的加班费时，不应扣除当天的200元底薪。加班费是基于劳动者在正常工作时间之外的额外工作时间所支付的报酬，与底薪是分开的，不应相互抵扣。

法律分析：

1. 加班费的计算依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。五一劳动节作为法定休假日，若劳动者在此期间加班，应获得三倍工资的加班费。

2. 底薪与加班费的关系：

   • 底薪是劳动者在正常工作时间内应获得的固定报酬，而加班费是劳动者在正常工作时间之外额外工作所获得的报酬。两者是独立的，不应相互抵扣。因此，在计算加班费时，不应扣除当天的底薪。

3. 具体计算方式：

   • 假设劳动者的月工资为6000元，那么日工资可以通过月工资除以月计薪天数（通常为21.75天）来计算，即：\(日工资 = \frac{6000}{21.75} \approx 275.86元\)。
   • 五一加班两天的加班费应为：\(加班费 = 日工资 \times 3 \times 加班天数 = 275.86 \times 3 \times 2 = 1655.16元\)。
   • 这里的三倍工资是基于日工资的计算，且不应扣除当天的底薪。

建议与提醒：

• 劳动者在遇到加班费计算问题时，应首先了解自己的日工资和加班天数，然后根据相关法律法规进行计算。
• 若用人单位在计算加班费时存在扣除底薪等不当行为，劳动者有权向用人单位提出异议，并要求用人单位按照法律法规支付应得的加班费。
• 若双方无法协商解决，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

可能遇到的特殊情况：

• 如果劳动合同或用人单位的规章制度中有特别约定关于加班费的计算方式，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么应按照约定执行。但在此情况下，约定也不应包含扣除底薪的内容。
• 如果劳动者对加班费的计算存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师或劳动监察部门，以获取准确的法律意见和帮助。