加班工资通常不应仅算在底薪里，这种做法一般是不合法的。以下从多个角度为你详细分析：
法律规定层面
根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
- 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
- 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
- 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
这里的“工资”指的是劳动者的应得工资，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入，而不仅仅是底薪。因此，从法律规定来看，加班工资不应仅按底薪计算。
不合理原因层面
- 未包含全部劳动报酬：底薪只是劳动者基本工资的一部分，往往不包括绩效奖金、津贴、补贴等其他形式的收入。如果仅以底薪作为加班费的计算基数，那么劳动者在加班时获得的报酬将低于其实际应得的报酬，这显然是不公平的。
- 损害劳动者权益：长期以底薪作为加班费的计算基数，会导致劳动者在加班时无法获得足够的经济补偿，进而可能引发劳动者的工作积极性下降、离职率上升等问题，最终损害企业的长远利益。
合理计算方式层面
企业在计算加班费时，应遵循以下原则和方法：
- 确定计算基数：加班费的计算基数应为劳动者的应得工资，包括基本工资、绩效奖金、津贴、补贴等各项收入。具体计算时，可根据劳动合同或集体合同中的约定来确定。如果劳动合同或集体合同中没有明确约定，那么应按照劳动者正常工作时间的工资作为计算加班费的基数，这个基数通常应高于底薪。
- 按照法定倍数计算：根据加班的不同情形（如工作日加班、休息日加班、法定节假日加班），分别按照法律规定的倍数（150%、200%、300%）来计算加班费。例如，如果劳动者的日工资标准（包含底薪及其他固定收入）为300元，在休息日加班一天且不能安排补休，那么他应获得的加班工资为600元（300元×2）。
特殊情况说明
虽然一般情况下加班工资不应仅按底薪计算，但也存在一些特殊情况。如果用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定了加班工资的计算基数，并且该基数不低于当地最低工资标准，同时是双方真实意思的表示，那么按照合同约定的方式计算加班费是合法的。不过，这种约定通常也会包含底薪及其他固定收入的一部分或全部，而不仅仅是底薪。
建议：如果你发现自己的加班工资仅按底薪计算，且认为这种做法不合理或违法，你可以先与用人单位进行沟通协商，要求按照法律规定支付加班费。如果协商无果，你可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。