加班工资不按底薪算是否合法，主要取决于劳动合同、集体合同的约定以及法律法规的规定。若计算基数合法且不低于当地最低工资标准，同时确保劳动者获得应有的加班补偿，则是合法的；反之，则不合法。以下从不同角度进行详细分析：
一、合法情况
劳动合同有明确约定：
- 如果劳动合同中明确约定了加班工资的计算基数，并且该基数不低于当地最低工资标准，同时是双方真实意思的表示，那么按照合同约定的方式计算加班费是合法的。这个基数可以包括基本工资、岗位工资、绩效工资等，只要双方协商一致且不违反法律强制性规定即可。例如，若劳动合同约定加班工资计算基数为基本工资加岗位工资，且该总和不低于当地最低工资标准，则此约定合法。
集体合同有约定：
- 在劳动合同没有约定的情况下，如果集体合同中明确了加班费的计算基数，且该基数符合法律法规要求，同样可以按照集体合同的约定执行。集体合同通常由工会或职工代表与用人单位协商签订，具有法律效力。
用人单位制度规定且员工同意：
- 用人单位依法制定的工资支付制度中明确规定了加班工资的计算基数，并且该制度已经通过民主程序制定并向员工公示，员工在知晓且未提出异议的情况下，该制度也可作为计算加班费的依据。但需注意，该制度不得违反法律法规的强制性规定。
二、不合法情况
低于法定标准：
- 根据我国《劳动法》第四十四条的规定，加班费的计算基数不得低于劳动者正常工作时间的工资，且具体支付标准需按照工作时间延长的不同情况（工作日、休息日、法定节假日）分别支付不低于工资的150%、200%、300%的工资报酬。如果计算基数低于当地最低工资标准或劳动合同约定的工资标准，则是不合法的。例如，若当地最低工资标准为2000元/月，而用人单位仅按1500元/月作为加班工资计算基数，则此做法违法。
未遵循约定或规定：
- 当劳动合同和集体合同都没有对加班费的计算基数作出约定，且用人单位没有制定相关工资支付制度时，应按照劳动者正常工作时间的工资作为计算加班费的基数。如果用人单位擅自按照较低的标准（如仅按底薪）计算加班费，则可能构成违法。底薪只是劳动者基本工资的一部分，往往不包括绩效奖金、津贴、补贴等其他形式的收入。如果仅以底薪作为加班费的计算基数，那么劳动者在加班时获得的报酬将低于其实际应得的报酬，这显然是不公平的，也违反了法律规定。
三、加班工资的计算公式
- 工作日加班：小时加班工资标准 = 劳动合同规定的月工资标准 ÷（月计薪天数21.75×8小时）× 150%。
- 休息日加班：小时加班工资标准 = 劳动合同规定的月工资标准 ÷（月计薪天数21.75×8小时）× 200%。
- 法定休假日加班：小时加班工资标准 = 劳动合同规定的月工资标准 ÷（月计薪天数21.75×8小时）× 300%。
四、维权途径
如果用人单位存在违法计算加班费的情况，劳动者可以通过以下途径维护自己的权益：
- 与用人单位协商解决：首先尝试与用人单位沟通，要求按照法律规定支付加班费。
- 向劳动监察部门投诉：若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。
- 申请劳动仲裁：在必要时，劳动者可向劳动仲裁机构申请仲裁，要求用人单位支付拖欠的加班工资及相应赔偿。
综上所述，加班工资不按底薪算是否合法，需综合考虑劳动合同、集体合同的约定以及法律法规的规定。劳动者应了解自己的权益，并在面临问题时采取适当的维权措施。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。