公司没有按底薪计加班费，通常是违法的。以下从不同角度为您详细分析：

一、法律角度

根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，用人单位安排劳动者加班的，应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：

1. 工作日加班：支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
2. 休息日加班且不能安排补休：支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
3. 法定节假日加班：支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

这里的“工资”指的是劳动者正常工作时间的工资报酬，通常包括底薪以及奖金、津贴、补贴等固定收入部分。因此，公司如果没有按照底薪（或实际应发工资，若底薪低于实际应发工资）来计算加班费，就违反了上述法律规定。

二、实际操作角度

在实际操作中，有些公司可能会以低于实际应发工资的基数来计算加班费，比如仅以底薪为基数，或者以当地最低工资标准为基数。这种做法通常是不合法的，因为它损害了劳动者的合法权益。劳动者有权要求公司按照实际应发工资（至少不低于底薪）来计算加班费。

三、特殊情况

虽然一般情况下加班费应按底薪（或实际应发工资）计算，但也存在一些特殊情况。比如，如果劳动合同中有明确约定且不违反法律法规的其他计算方式，那么可以按照合同约定来计算加班费。但这种情况较为少见，且需要确保合同约定不违反法律的强制性规定。

四、法律后果与建议

如果公司没有按照法律规定支付加班费，劳动者可以采取以下措施来维护自己的合法权益：

1. 与公司协商：首先可以尝试与公司进行协商，要求公司按照法律规定支付加班费。
2. 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。
3. 申请劳动仲裁：如果投诉后问题仍未得到解决，可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司支付拖欠的加班费及可能的赔偿金。

建议：劳动者在遇到公司未按规定支付加班费的情况时，应保留好相关证据，如考勤记录、工作邮件、加班通知等，以便在需要时证明自己的加班事实和应得加班费数额。同时，也可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。