公司多年未按合同上底薪算加班，确实是违法的。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律依据
根据《劳动合同法》第八十五条的规定，用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：
- （一）未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；
- （二）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
- （三）安排加班不支付加班费的；
- （四）解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。
在此情况下，公司未按合同约定的底薪计算加班费，显然违反了上述法律条款中关于“安排加班不支付加班费”的规定（这里的“不支付”应理解为未按照合同约定或法律规定足额支付）。
二、法律后果
- 行政责任：劳动行政部门有权责令公司限期支付加班费，并可能对公司处以罚款。
- 民事责任：劳动者有权要求公司支付拖欠的加班费，并可能要求公司支付因拖欠加班费而产生的赔偿金。
- 劳动争议解决：劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付加班费及赔偿金。如果对仲裁结果不服，还可以向人民法院提起诉讼。
三、建议与行动
- 收集证据：劳动者应收集与加班相关的证据，如加班记录、工资单、劳动合同等，以证明公司未按合同约定支付加班费。
- 与公司协商：在掌握充分证据后，劳动者可以尝试与公司进行协商，要求公司按照合同约定支付加班费。
- 申请仲裁或提起诉讼：如果协商无果，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或直接向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
四、特殊情况考虑
- 合同变更：如果劳动合同在履行过程中发生了变更，且双方对加班费的计算方式有新的约定，那么应按照新的约定执行。但这种情况需要双方有明确的书面协议或口头协议，并且该协议不违反法律法规的强制性规定。
- 公司规章制度：如果公司有明确的规章制度规定了加班费的计算方式，并且该规章制度已经过民主程序制定并公示给劳动者，那么应按照规章制度执行。但规章制度的内容不得违反法律法规的强制性规定。
总结来说，公司多年未按合同上底薪算加班是违法的，劳动者有权要求公司按照合同约定支付加班费，并可以通过法律途径维护自己的合法权益。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。