公司合同按底薪加绩效算工资，这一做法本身并不违法。以下是对此问题的详细分析：
法律背景
根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资分配应当遵循按劳分配原则，实行同工同酬。工资总额由计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、加班加点工资以及特殊情况下支付的工资等部分组成。其中，并没有明确禁止底薪加绩效的工资计算方式。实际上，底薪加绩效的工资结构是一种常见的薪酬模式，它结合了固定薪酬和浮动薪酬，旨在激励员工提高工作绩效。
合法性分析
底薪部分：底薪是员工的基本工资，是员工在正常工作时间内提供正常劳动后应得的报酬。这部分工资是固定的，不受员工工作绩效的影响。只要底薪不低于当地最低工资标准，就是合法的。
绩效部分：绩效工资是根据员工的工作绩效来确定的，它体现了员工的工作成果和贡献。绩效工资的发放标准和方式应当在劳动合同中明确约定，并且应当公平、合理、透明。只要绩效工资的发放符合劳动合同的约定，且不违反法律法规的强制性规定，就是合法的。
注意事项
劳动合同约定：公司在制定工资结构时，应当在劳动合同中明确约定底薪和绩效的比例、计算方式、发放时间等关键条款。这有助于避免后续因工资计算问题产生的纠纷。
最低工资标准：公司应确保员工的底薪不低于当地最低工资标准。如果底薪低于最低工资标准，则可能构成违法。
绩效评估的公正性：公司在实施绩效工资制度时，应确保绩效评估的公正性和透明性。避免因主观评价或不合理标准导致员工绩效工资的不公平发放。
可能的法律后果
如果公司未按照劳动合同的约定支付工资，或者底薪低于当地最低工资标准，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。劳动监察部门或劳动仲裁机构将依法进行调查和处理，要求公司支付拖欠的工资、经济补偿金等，并可能对公司进行行政处罚。
建议：公司在制定工资结构时，应充分考虑法律法规的要求和员工的合法权益。确保工资结构的合法性和合理性，避免因工资问题引发的法律纠纷。如果您在工资福利方面遇到任何问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。