结论：合同中约定了底薪，但实际在绩效中扣除是否合法，需根据具体情况判断，主要取决于是否有明确且合理的考核制度、是否符合劳动合同约定、是否遵循法定程序及扣除后工资是否不低于最低工资标准等因素。

合法扣除绩效工资的情况

1. 有明确且合理的考核制度

   • 用人单位必须制定明确、合理且经过民主程序制定的绩效考核制度，并向劳动者公示或告知。该制度应详细规定绩效工资的考核标准、发放方式及扣除情形。若劳动者未达到相应绩效标准，用人单位按制度扣减绩效工资是合法的。例如，合同中约定底薪为5000元，其中2000元为绩效工资，且绩效考核制度明确规定了绩效不达标的扣除标准，那么用人单位在劳动者绩效不达标时扣除相应绩效工资是合法的。

2. 符合劳动合同约定

   • 劳动合同中应明确约定绩效工资的发放条件、标准和方式。若劳动者未满足约定的绩效发放条件，用人单位有权按照合同约定不发放或扣除绩效工资，且不违反劳动法规定。例如，合同中明确约定了绩效工资的发放与销售额挂钩，若劳动者未达到约定的销售额，用人单位扣除相应绩效工资是合法的。

3. 经济损失赔偿

   • 当劳动者因故意或重大过失给用人单位造成经济损失时，用人单位可按照劳动合同约定要求劳动者赔偿。赔偿金额可从劳动者工资中扣除，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。这种情况下，扣除的绩效工资可视为对经济损失的赔偿。

4. 符合法定扣除情形

   • 用人单位在特定情况下可代扣劳动者工资，如代扣代缴的个人所得税、社会保险费用等。若扣除绩效工资属于这些法定情形之一，且符合相关法律规定，则扣除行为合法。但这种情况较为特殊，通常不涉及绩效工资的直接扣除。

非法扣除绩效工资的情况

1. 缺乏明确依据

   • 若劳动合同和规章制度中均无关于绩效工资扣除的明确规定，用人单位随意以绩效为由扣除劳动者工资，则此行为违法。例如，合同中只约定了底薪和绩效工资，但未规定绩效不达标的扣除标准，用人单位随意扣除绩效工资是违法的。

2. 考核标准不合理或不透明

   • 绩效考核标准应公平、合理且具有可操作性。若标准过于苛刻、不合理或在考核过程中缺乏透明度，导致劳动者无法通过正常努力达到标准而被扣除绩效工资，则此扣除行为可能违法。例如，绩效考核标准模糊不清，或者考核过程不公开透明，劳动者对考核结果有异议但无法申诉，这种情况下扣除绩效工资可能是违法的。

3. 恶意扣减或以绩效之名惩罚

   • 用人单位不得以扣除绩效工资作为对劳动者的惩罚手段。例如，因员工迟到或请假等非绩效相关原因而大幅扣除绩效工资，此行为违法。绩效工资应与劳动者的工作绩效挂钩，而非作为惩罚工具。

4. 制度存在漏洞或显失公平

   • 若绩效考核制度本身存在重大漏洞、显失公平或未经民主程序制定、未向员工公示等，则依据该制度扣除绩效工资的行为可能违法。例如，绩效考核制度未经职工代表大会或全体职工讨论通过，或者未向员工公示，员工对制度内容一无所知，这种情况下扣除绩效工资可能是违法的。

5. 扣除后低于最低工资标准

   • 即使用人单位有合理的绩效考核制度和扣除理由，但若扣除绩效工资后员工的工资低于当地最低工资标准，则此扣除行为违法。例如，当地最低工资标准为2000元/月，劳动者底薪为2500元/月（其中500元为绩效工资），若用人单位扣除全部绩效工资后劳动者工资低于2000元/月，则此扣除行为违法。

维权建议

若劳动者认为用人单位扣除绩效工资的行为不合法，可采取以下措施维护自身权益：

1. 沟通协商：首先与用人单位进行沟通协商，要求说明扣除理由并提供依据。
2. 投诉举报：若协商无果，可向当地劳动行政部门投诉举报。
3. 申请仲裁：依法向劳动争议仲裁机关申请仲裁。
4. 提起诉讼：对仲裁裁决不服的，可向人民法院提起诉讼。

综上所述，合同中约定了底薪但实际在绩效中扣除是否合法需综合考虑多种因素。劳动者在面对此类问题时，应充分了解自身权益和法律规定，并依法采取适当措施维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。