结论：公司同时扣除底薪和绩效的20%是否合法，需根据具体情况判断，包括劳动合同、公司规章制度、扣除原因及比例是否合理合法等。以下从不同角度进行分析：
一、劳动合同及公司规章制度的角度
劳动合同约定：
- 若劳动合同中明确规定了底薪和绩效的构成，以及扣除的具体条件和比例，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照合同约定扣除底薪和绩效的20%可能是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三条，订立劳动合同，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。依法订立的劳动合同具有约束力，用人单位与劳动者应当履行劳动合同约定的义务。
公司规章制度：
- 若公司规章制度中明确规定了扣除底薪和绩效的条件和比例，且该规章制度已经过民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或职工代表平等协商确定），并已公示或告知劳动者，那么公司按照规章制度扣除底薪和绩效的20%也可能是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
二、扣除原因及比例合理性的角度
扣除原因：
- 公司扣除底薪和绩效应当有合法、合理的原因，如劳动者违反公司规章制度、造成公司损失等。若扣除原因不合法或不合理，那么公司的扣除行为可能构成违法。
扣除比例：
- 即使劳动合同或公司规章制度中规定了扣除底薪和绩效的比例，但该比例若过高，可能违反法律法规的强制性规定或公序良俗，从而被认定为无效。例如，若扣除比例导致劳动者的工资低于当地最低工资标准，那么该扣除行为就是违法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第四十八条，国家实行最低工资保障制度。最低工资的具体标准由省、自治区、直辖市人民政府规定，报国务院备案。用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。
三、实际操作建议
审查劳动合同和公司规章制度：
- 劳动者应仔细审查自己的劳动合同和公司规章制度，了解其中关于底薪和绩效扣除的具体规定。
与公司沟通：
- 若劳动者对公司的扣除行为有异议，应首先与公司进行沟通，了解扣除的具体原因和依据，并尝试协商解决。
寻求法律援助：
- 若沟通无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
总结：公司同时扣除底薪和绩效的20%是否合法，需根据劳动合同、公司规章制度、扣除原因及比例是否合理合法等因素综合判断。若劳动者对此有异议，建议仔细审查相关合同和制度，与公司沟通协商，并在必要时寻求法律援助。如有具体法律问题，可以直接向我咨询。