结论：公司将底薪一部分改为绩效工资是否合法，需视具体情况而定，但核心原则是必须遵循法律法规，并与员工充分协商达成一致。
合法性分析
规章制度与民主程序：
- 公司若要将底薪一部分改为绩效工资，首先需有明确且合法有效的规章制度作为支撑。这些规章制度应当经过民主程序制定和修改，比如通过职工代表大会讨论通过，并向员工进行公示或告知。若缺乏合法依据或未经过民主程序，单方面更改可能构成违法行为。
协商一致原则：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容，包括工资结构等。这意味着，公司不能单方面随意更改工资结构，必须与员工进行充分协商，并达成书面协议。书面协议是确保双方权益的重要依据，也是后续可能发生的劳动纠纷中的关键证据。
透明性与明确性：
- 在实施绩效工资制度前，公司应详细说明绩效工资的计算方法、考核标准、评估周期以及未达标时的处理措施等。这些信息应当清晰、明确，并要求员工签字确认。这样做可以减少后续的误解和纠纷，确保员工对新的工资结构有充分的理解。
合理性分析
公司经营需要：
- 调整工资结构可能是出于公司经营战略调整、市场环境变化等合理考虑。然而，这种调整应当基于对公司整体运营和员工绩效的深入分析，确保调整的科学性和有效性。若调整缺乏合理性，可能引发员工的不满和抵触情绪。
绩效评估体系：
- 公司应具备完善的绩效评估体系，能够客观、公正地评价员工的工作表现。绩效评估标准应当明确、可量化，且与员工的工作职责和岗位要求相匹配。若绩效评估体系存在缺陷或不合理之处，可能导致绩效工资的发放缺乏公平性和合理性。
对员工权益的影响及应对措施
工资收入不稳定风险：
- 绩效工资可能导致员工收入波动，增加不确定性。为降低此风险，公司应合理设定绩效工资与底薪的比例，确保员工的基本生活需求得到保障。同时，应建立透明的绩效评估机制，让员工能够清晰地了解自己的绩效表现和工资构成。
劳动纠纷风险：
- 工资结构调整易引发员工不满和抵触情绪，增加劳动纠纷风险。为预防纠纷，公司应在调整前与员工进行充分沟通，解释调整的必要性和合理性，并听取员工的意见和建议。若发生纠纷，公司应积极与员工协商解决，避免矛盾升级。
员工应对策略：
- 员工在面对工资结构调整时，应首先与公司进行友好协商，表达自己的看法和担忧。若协商无果，员工可以收集相关证据（如劳动合同、工资条、绩效评估记录等），向劳动争议仲裁机构或法院提起申诉，维护自己的合法权益。
总结与建议：公司在将底薪一部分改为绩效工资时，必须遵循法律法规的规定，确保合法合规；同时，应与员工充分协商并达成一致意见，以降低潜在的法律风险和劳动纠纷风险。员工在面对此类调整时，也应积极维护自己的合法权益，通过合理合法的途径解决与公司之间的纠纷。若你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。