公司拿底薪的20%用于核算绩效是否合法，需分情况讨论：
若劳动合同或公司规章制度明确约定底薪包含绩效部分，且该约定不违反法律法规强制性规定：
- 法律背景：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三条，订立劳动合同，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。若劳动合同或公司规章制度中明确约定了底薪中包含一定比例的绩效工资，且该约定是双方真实意思的表示，不违反法律法规的强制性规定，那么这种约定是合法的。
- 具体分析：在此情况下，公司从底薪中划拨一定比例（如20%）用于核算绩效，是双方事先约定的内容，员工在签订劳动合同时已经知晓并同意，因此公司有权按照约定进行绩效核算。
若劳动合同或公司规章制度未明确约定底薪包含绩效部分，或约定违反法律法规强制性规定：
- 法律背景：根据《中华人民共和国劳动法》第四十六条，工资分配应当遵循按劳分配原则，实行同工同酬。工资水平在经济发展的基础上逐步提高。国家对工资总量实行宏观调控。若公司未经员工同意，擅自将底薪的一部分用于核算绩效，可能违反了按劳分配的原则，侵犯了员工的合法权益。
- 具体分析：在此情况下，公司无权单方面改变工资结构，将底薪的一部分用于核算绩效。如果公司这样做，员工有权向公司提出异议，并要求公司按照劳动合同或公司规章制度中约定的工资标准支付工资。若公司拒绝改正，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
建议与后果：
- 对员工：若公司未经你同意擅自改变工资结构，将底薪的一部分用于核算绩效，你应首先与公司进行沟通协商，要求公司按照劳动合同或公司规章制度中约定的工资标准支付工资。若协商无果，你可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
- 对公司：若公司希望实行绩效工资制度，应在劳动合同或公司规章制度中明确约定底薪中包含绩效部分的比例、核算方式等关键条款，并确保这些条款不违反法律法规的强制性规定。同时，公司应确保绩效工资制度的公平性和透明性，避免引起员工的不满和纠纷。
总结：公司拿底薪的20%用于核算绩效是否合法，取决于劳动合同或公司规章制度中是否有明确约定，以及该约定是否违反法律法规的强制性规定。若有问题，可以直接向我咨询，我会为你提供更详细的法律解答。