结论：周六周日加班按底薪加年资计算加班费是否合法，需分情况讨论，具体如下：

1. 若底薪加年资不低于法定加班费计算基数，则合法
   根据《劳动法》第四十四条，休息日（周六周日）安排劳动者工作且不能补休的，用人单位应支付不低于工资200%的工资报酬。这里的“工资”通常指劳动者正常工作时间的月工资，包括基本工资、岗位工资等固定组成部分，但不包含加班费、奖金、津贴等非固定收入。

   • 若“底薪+年资”构成劳动者正常工作时间的月工资总额，且该金额不低于当地最低工资标准，则按此计算加班费合法；
     
   • 若“底薪+年资”高于劳动者实际月工资（例如底薪为最低工资，年资为额外补贴），且双方劳动合同或规章制度明确约定以此为加班费计算基数，也可能被认定为合法。

2. 若底薪加年资低于法定加班费计算基数，则不合法

   • 若用人单位将“底薪”单独作为计算基数（例如底薪仅为最低工资，未包含岗位工资等其他固定部分），或“年资”不属于工资固定组成部分（如一次性奖励），导致加班费计算基数低于劳动者实际月工资，则违反《劳动法》规定；
     
   • 例如：劳动者月工资为8000元（含底薪5000元+岗位工资3000元），若用人单位仅按底薪5000元的200%支付周末加班费，则属于违法，应按8000元的200%计算。

建议：

• 劳动者可先核对劳动合同、工资条，确认“底薪+年资”是否涵盖所有固定工资组成部分；
  
• 若用人单位计算方式违法，可要求补足差额，或向当地劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁；
  
• 用人单位应确保加班费计算基数符合法律规定，避免因违法成本（如支付差额、加付赔偿金）增加经营风险。
  

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