结论前置：怀孕期间公司以请病假为由扣除年终奖金是否合法，需根据具体情况判断，通常来说，若无合法且正当的理由，这种做法是不合法的。以下从不同角度进行分析：
一、劳动合同与规章制度的角度
劳动合同约定：
- 劳动合同是双方自愿达成的约定，其中可能包含关于年终奖的具体条款。如果劳动合同中明确规定了年终奖的发放条件，且孕妇满足了这些条件，那么公司无故扣发年终奖即构成违约。
- 若劳动合同中未明确规定年终奖的发放条件，或者规定不明确，则需要参考公司的规章制度。
公司规章制度：
- 如果公司的规章制度明确规定，员工在病假期间不享受年终奖或年终奖的发放与出勤率挂钩，且该规章制度合法有效（即不违反法律法规的强制性规定，且已告知员工），那么孕妇请病假可能会影响年终奖。
- 反之，如果公司的规章制度没有此类规定，或者明确规定了病假不影响年终奖的发放，那么公司扣发年终奖就缺乏合理依据。
二、法律法规的角度
《女职工劳动保护特别规定》：
- 根据该规定第五条，用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳而降低其工资、予以辞退、与其解除劳动或者聘用合同。年终奖作为工资的一部分，无故扣发实际上降低了孕妇的工资，违反了法律规定。
《员工工资支付条例》（或地方性类似规定）：
- 员工依法享受产假等假期时，用人单位应视为提供正常劳动并支付工资，包括奖金和年终奖。不按规定支付将被视为无故克扣拖欠员工工资。
三、特殊情况的考量
- 如果年终奖的发放与企业经营效益、个人业绩紧密挂钩，且孕妇因请假等原因确实影响了工作业绩，同时用人单位的考核标准和程序合法合理并已明确告知员工，那么根据实际情况适当调整年终奖发放金额可能具有一定合理性。但这种调整必须公平公正，不能构成对孕妇的歧视。
四、维权途径与建议
协商：
- 孕妇如认为公司扣发年终奖侵犯了其合法权益，首先应与用人单位进行协商，尝试通过沟通解决问题。
投诉：
- 协商不成时，可以向当地劳动监察部门投诉，请求介入调查并处理。
仲裁与诉讼：
- 若投诉无果，孕妇还可以向劳动仲裁委员会申请仲裁，甚至依法提起诉讼，以维护自己的合法权益。
总结与建议：怀孕期间公司以请病假为由扣除年终奖金，通常是不合法的，除非存在合法且正当的理由，并且符合相关法律法规及规章制度的规定。孕妇在遇到此类问题时，应及时了解自己的权益，并采取适当的维权措施。如果你有具体的劳动合同、公司规章制度或相关证据，可以进一步向我咨询，我会为你提供更详细的法律建议。