孕妇年终奖被扣通常是不合理的，但具体是否合法需结合实际情况判断。以下从不同角度为您详细分析：

一、法律保护层面

1. 《女职工劳动保护特别规定》第五条明确指出，用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳而降低其工资或解除劳动关系。年终奖作为工资的一部分，若孕妇满足了劳动合同或公司规章制度中约定的年终奖发放条件，用人单位无故扣发，即构成对女职工劳动报酬权的侵害，违反了法律规定。

2. 《员工工资支付条例》也强调，员工依法享受产假等假期时，用人单位应视为提供正常劳动并支付工资，包括奖金和年终奖。不按规定支付将被视为无故克扣拖欠员工工资，孕妇有权依法维权。

二、公司规章制度层面

1. 劳动合同与规章制度的约束力：劳动合同和用人单位的规章制度对双方具有约束力，但这些制度必须合法有效，不得违反法律法规的强制性规定。若规章制度中规定了年终奖的发放事宜，且孕妇未违反相关扣发情形，则公司扣发年终奖缺乏合理依据。

2. 特殊情况的合理性考量：如果年终奖的发放与企业经营效益、个人业绩紧密挂钩，且孕妇因请假等原因确实影响了工作业绩，同时用人单位的考核标准和程序合法合理并已明确告知员工，那么根据实际情况适当调整年终奖发放金额可能具有一定合理性。但这种调整必须公平公正，不能构成对孕妇的歧视。

三、维权途径与建议

1. 核查公司制度：首先确认年终奖发放规则是否写入劳动合同或经民主程序公示，是否存在针对孕期的歧视性条款。

2. 保留证据：保存工资条、考勤记录、公司通知等材料，证明自身符合奖金发放条件。

3. 协商沟通：主动与HR或上级说明情况，要求合理解释扣发依据，尝试通过沟通解决问题。

4. 法律途径：若协商未果，可以向当地劳动监察部门投诉，请求介入调查并处理；若投诉无果，还可以向劳动仲裁委员会申请仲裁，甚至依法提起诉讼，以维护自己的合法权益。

四、典型案例参考

• 案例1：某公司因孕妇请产假扣除其年终奖，法院判定公司败诉，理由为产假属法定权利，不影响奖金资格。
• 案例2：某企业以经营困难为由取消全员年终奖，包括孕期员工，若该决定适用于全体人员且程序合法，法院可能支持公司决定。但若仅针对孕妇调整奖金，则涉嫌违法。

总结：孕妇年终奖是否被扣，关键看扣发理由是否合法合理。若因怀孕本身被区别对待，可坚决维权；若因绩效、纪律等合法因素，则需接受结果。在遇到此类问题时，建议您及时咨询，了解自己的权益并采取适当的维权措施。