孕期被扣绩效工资是否合法，需分情况讨论：
不合法且不合理的情况：
- 无故扣除：若女职工在孕期工作表现正常，未出现因身体原因或工作失误导致的绩效下降，公司仅因怀孕这一事实无故扣除绩效工资，是违反法律规定的。根据《女职工劳动保护特别规定》第五条，用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳降低其工资，这里的“工资”包括基本工资、绩效工资等构成劳动者收入的部分。
- 制度不合法或未公示：如果公司没有明确的绩效考核制度，或者该制度未通过民主程序制定、未向员工公示，那么随意扣除怀孕女职工的绩效工资也是不合法的。依据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，需经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定，同时公示或告知劳动者。
- 制度存在歧视：若绩效考核制度对怀孕女职工存在明显歧视或不公平之处，即使制度本身存在，也不得作为扣减怀孕女职工绩效工资的依据。此类情况同样违反相关法律法规对女职工的特殊保护原则。
可能具有合理性的情况：
- 未达到绩效标准：在合法有效的绩效考核制度下，若怀孕女职工确因身体原因无法按照既定工作标准和要求完成任务，导致绩效指标未达标，公司可依据制度扣除相应绩效工资。但此时公司需提供充分证据证明女职工未完成工作任务与绩效不达标的直接关联性，且扣除的绩效工资应与未达标的绩效部分相对应，不得随意扩大扣除范围。
- 工作岗位调整后的合理调整：若女职工怀孕后，经双方协商一致调整了工作岗位，且新岗位的绩效工资标准与原岗位不同，公司可按照新岗位的绩效制度核算并发放绩效工资。此调整应基于双方自愿和公平原则，并确保新岗位的绩效制度是合理且一贯执行的。
女职工权益保护建议：
- 了解自身权益：女职工在孕期应充分了解自己的权益，包括工资报酬、减轻劳动量、避免夜班和延长劳动时间（针对怀孕7个月以上）、产前检查时间计入劳动时间等。
- 保留证据：若公司无故扣除绩效工资，女职工应保留好相关证据，如工资条、绩效考核表、工作记录等，以便在维权时提供有力支持。
- 维权途径：
- 与公司协商：首先尝试与用人单位友好沟通，要求说明扣除原因并出示考核依据。通过协商，可能解决问题。
- 向劳动监察部门投诉：若协商无果，可向劳动监察部门投诉，寻求政府帮助和支持。
- 申请劳动仲裁或提起诉讼：若上述途径均无法解决问题，女职工可向劳动人事争议仲裁委员会申请仲裁，或向人民法院提起诉讼。在仲裁或诉讼过程中，需提供充分证据证明自己的工作表现和用人单位的无故扣除行为。
法律依据：
- 《女职工劳动保护特别规定》第五条：用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳降低其工资、予以辞退、与其解除劳动或者聘用合同。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第四条：用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，需经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定，同时公示或告知劳动者。
- 《中华人民共和国劳动法》第九十一条：用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金。
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