怀孕期间公司因业绩扣工资是不合法的。

首先，我国法律明确规定保护孕期女职工的合法权益。《中华人民共和国劳动法》和《女职工劳动保护特别规定》均指出，用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳而降低其工资、予以辞退或与其解除劳动（聘用）合同。这一规定确保了女职工在特殊生理时期的工资待遇不受影响。

其次，即使公司设有业绩考核制度，该制度也必须经过民主程序制定，并向员工公示或告知。而且，考核制度应合理、明确、客观，不具有不合理的严苛性或模糊性。如果公司以业绩不达标为由扣减孕期女职工的工资，那么这种行为很可能构成对女职工的歧视或不公平对待，是违法的。

再者，怀孕女职工在劳动时间内进行产前检查，应算作劳动时间，不应扣除薪酬。这是对孕期女职工额外保护的一项具体措施。因此，公司不能因女职工进行产检而扣减其工资。

最后，如果女职工遭遇因业绩扣工资的情况，可以首先与公司协商解决，要求恢复被扣减的工资。若协商不成，可向当地劳动监察部门投诉举报，或申请劳动仲裁来维护自己的权益。对仲裁结果不服的，还可在规定期限内向人民法院提起诉讼。

综上所述，怀孕期间公司因业绩扣工资的行为是违法的。女职工应了解自己的合法权益，并在必要时采取适当措施进行维权。同时，公司也应遵守相关法律法规，确保孕期女职工的合法权益得到充分保障。