怀孕期间休病假扣绩效工资是不合法的。以下从不同角度为您详细分析：
法律角度
根据我国《劳动合同法》以及《女职工劳动保护规定》等相关法律法规，怀孕期间的女职工享有特殊的劳动保护。在劳动时间内进行产前检查，应当算作劳动时间，工资也应照发。同时，不得在女职工怀孕期、产期、哺乳期降低其基本工资。这意味着，怀孕期间的女职工，其工资待遇应得到保障，用人单位不得随意扣发。
对于病假工资，虽然病假期间的工资支付标准可能因地区和单位而有所不同，但一般来说，病假工资应不低于当地最低工资标准的80%，且用人单位不得以品质修养不合格等不合理理由扣发绩效工资。绩效工资通常与员工的工作表现、业绩等挂钩，但在女职工怀孕期间，由于身体原因可能无法正常工作，此时扣发绩效工资显然是不合理的。
实际操作角度
在实际操作中，如果用人单位在女职工怀孕期间扣发绩效工资，女职工可以采取以下措施维护自己的合法权益：
与用人单位协商：首先，可以尝试与用人单位进行沟通，说明相关法律法规，要求用人单位补发被扣发的工资。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门进行投诉举报，劳动监察部门会依法进行调查处理。
申请劳动仲裁：如果对劳动监察部门的处理结果不满意，还可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的权益。
特殊情况说明
当然，也需要明确的是，如果女职工在怀孕期间多次无故旷工，严重违反了用人单位的规章制度，那么用人单位在符合法律规定的情况下，是有权解除劳动合同的。但这种情况与因怀孕休病假而扣发绩效工资是两个不同的概念，不能混为一谈。
建议：如果您在怀孕期间遇到了用人单位扣发绩效工资的情况，建议您先与用人单位进行沟通协商，如果无法解决问题，可以及时向当地的劳动监察部门投诉举报或者申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。如果您还有其他关于劳动工伤方面的法律问题，也可以直接向我咨询。