休产假期间工资、公积金、年终奖被扣，通常情况下是不合法的，但具体需分情况讨论。以下是对此问题的详细分析：
一、工资与生育津贴
法律依据：
- 根据《女职工劳动保护特别规定》第八条，女职工产假期间停发工资，改发生育津贴。对于已参加生育保险的女职工，生育津贴由生育保险基金支付；未参加的，则由用人单位按产假前工资标准支付。
- 这意味着，女职工在产假期间应享有与原工资相当的生育津贴，用人单位不得无故扣减。
特殊情况：
- 如果女职工未参加生育保险，且用人单位有合法、明确的规章制度规定产假期间工资支付方式，并已向员工公示告知，那么按照该制度执行可能具有合理性。但这种情况较为少见，且需严格符合法律法规要求。
二、公积金
公积金的性质与缴纳：
- 公积金是用人单位和职工共同缴纳的长期住房储金，用于职工购买、建造、翻建、大修自住住房等。
- 在产假期间，女职工的公积金缴纳不应受到影响。用人单位应继续按照规定比例缴纳公积金，女职工个人部分也可从生育津贴中代扣代缴（如果生育津贴足够覆盖）。
违法后果：
- 如果用人单位在产假期间停缴或扣减女职工的公积金，实际上构成了对公积金缴纳义务的违反，女职工有权要求用人单位补缴，并可向相关部门投诉。
三、年终奖
年终奖的性质与法律保护：
- 年终奖作为奖金的一种，是工资总额的重要组成部分，具有激励员工的作用。
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十一条，劳动者在法定休假期间，用人单位应依法支付工资，工资包括奖金等组成部分。因此，女职工在产假期间应被视为正常出勤，并有权获得相应的年终奖金额。
特殊情况下的考量：
- 尽管一般情况下扣除年终奖不合法，但若用人单位有明确、合法的规章制度，且该制度规定年终奖与员工全年实际出勤情况挂钩，并在计算时对产假期间进行了合理折算（这种折算需非常谨慎，且通常不被推荐），同时该制度已向员工公示告知，这种情况下扣除年终奖可能具有一定合理性。然而，这种做法在实践中存在极大争议，且很可能被视为违法。
四、法律建议与维权途径
与用人单位协商：
- 女职工在发现自己的工资、公积金、年终奖被扣后，首先应与用人单位进行友好协商，了解扣减的具体原因和依据。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，女职工可以向当地劳动监察部门投诉，要求用人单位补发被扣的工资、公积金和年终奖，并可能面临相应的行政处罚。
申请劳动仲裁：
- 女职工还可以选择向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。
总结来看，休产假期间工资、公积金、年终奖被扣，通常情况下是不合法的。女职工应了解自己的合法权益，并在必要时采取适当措施维护自身权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。