结论：休陪产假期间扣年终奖是否合法，主要取决于劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规的具体规定。一般情况下，若没有合法合理的规章制度作为依据，用人单位扣除年终奖的行为可能不合法。以下从不同角度进行详细分析：
一、劳动合同与公司规章制度的角度
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确规定了休陪产假会扣除一定比例的年终奖，那么用人单位在员工休陪产假时按照合同约定扣除年终奖，在合同条款合法且不违反法律法规强制性规定的前提下，是合法的。
公司规章制度：
- 公司的规章制度如果经过民主程序制定并公示，且内容不违反法律法规的强制性规定，其中关于休陪产假扣除年终奖的规定也是有效的。但规章制度必须合理合法，不能随意设定扣款标准，且应确保员工在休陪产假期间的经济权益不受不合理损害。
二、法律法规的角度
工资支付保障：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。年终奖作为劳动者工资的一部分（如果劳动合同或规章制度中有明确规定），同样受到法律保护。因此，用人单位不能随意以休陪产假为由扣除员工的年终奖。
陪产假期间的工资待遇：
- 陪产假是男职工在妻子生育期间享有的法定假期，期间工资待遇应得到保障。虽然具体工资支付方式可能因地区和单位而异，但一般应视为正常出勤，享受与正常工作期间相同的工资待遇，包括年终奖等福利。
扣款合法性界限：
- 若公司规章制度或劳动合同未明确将陪产假与年终奖挂钩，或扣款比例超出法定范围（如扣除后工资低于当地最低工资标准），则属于违法行为。此外，因员工依法维权（如申请劳动仲裁）而扣发奖金的行为也构成违法。
三、实际操作与特殊情况考量
扣款合理性：
- 即使劳动合同或规章制度中有相关规定，用人单位在执行时也需要考虑扣款的合理性。例如，扣款金额应与陪产假的天数和性质相匹配，不能过度惩罚员工。
沟通与协商：
- 在处理此类问题时，用人单位应与员工进行充分的沟通和协商，解释扣款的原因和依据，避免引发不必要的劳动争议。员工也有权了解自己的合法权益，并在必要时采取适当措施维护自身权益。
特殊情况下的考量：
- 如果用人单位有明确、合法的规章制度，且该制度规定年终奖与员工全年实际出勤情况挂钩，并在计算时对陪产假期间进行了合理折算，同时该制度已向员工公示告知，这种情况下扣除年终奖可能具有一定合理性。然而，这种做法在实践中仍存在争议，需结合具体情况和证据来判断。
四、法律建议与维权途径
法律建议：
- 员工在休陪产假前，应仔细阅读劳动合同和公司规章制度，了解自己的权益和义务。
- 如果用人单位擅自扣除年终奖，员工可以与用人单位协商解决；协商不成时，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
维权途径：
- 投诉：员工可以向当地劳动监察部门投诉用人单位的违法行为。
- 劳动仲裁：如果投诉无果，员工可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求用人单位支付被扣除的年终奖及可能的赔偿金。
总结：休陪产假期间扣年终奖是否合法，需根据劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规的具体规定来判断。员工应了解自己的合法权益，并在必要时采取适当措施维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。