休探亲假扣年终奖通常是不合法的，但具体情况需根据用人单位的规章制度和实际情况来判断。以下是对此问题的详细分析：
一、探亲假的法律性质与待遇
- 法定权利：根据《国务院关于职工探亲待遇的规定》，符合条件的职工享有探亲假，这是职工的法定权利。探亲假是国家为保障职工与亲属团聚而设立的一种特殊假期。
- 带薪假期：探亲假期间，职工应享受与正常工作期间相同的工资福利待遇，包括基本工资、奖金、津贴等。这意味着，从法律层面讲，探亲假期间员工的工资收入（包括年终奖等福利）不应受到影响。
二、年终奖的性质与发放原则
- 奖励机制：年终奖是用人单位对职工全年工作表现的一种奖励，旨在激励职工更好地完成工作任务。它并非员工的固定薪酬部分，而是根据单位的实际情况和员工的综合表现来决定的额外奖励。
- 公平合理：年终奖的发放应遵循公平、公正的原则，不得因职工依法休假而扣减。如果用人单位的规章制度或劳动合同中未将休探亲假作为扣发年终奖的依据，那么员工休探亲假后，应按规定获得年终奖。
三、休探亲假扣年终奖的合法性分析
法规层面：
- 根据相关法律法规，探亲假是职工的合法权益，且休假期间工资待遇不受影响。因此，从法律层面上讲，探亲假本身不应成为扣发年终奖的理由。
- 如果用人单位因员工休探亲假而扣发年终奖，可能违反了《中华人民共和国劳动法》第五十条关于“不得克扣或者无故拖欠劳动者工资”的规定，以及《国务院关于职工探亲待遇的规定》中关于探亲假期间工资待遇的规定。
规章制度层面：
- 如果用人单位的规章制度中明确规定休探亲假不影响年终奖的发放，或者未将休探亲假纳入影响年终奖评定的因素，那么员工休探亲假后，应按规定获得年终奖。
- 若用人单位的规章制度中将年终奖与员工的出勤率、工作表现等综合因素挂钩，并且明确将超过一定期限的休假（包括探亲假）纳入考量范围，这种情况下，探亲假可能会对年终奖产生影响。但该规章制度必须满足合法合理、经过民主程序制定、已向劳动者公示等条件才具有法律效力。如果规章制度未经合法程序制定或未向劳动者公示，那么其关于扣发年终奖的规定可能无效。
司法实践层面：
- 在司法实践中，判断休探亲假是否影响年终奖时，会重点审查用人单位的规章制度和劳动合同。如果规章制度或劳动合同中未将休探亲假作为扣发年终奖的依据，员工因休探亲假而被扣发年终奖的，可以通过劳动仲裁或诉讼等方式维护自己的合法权益。
四、实际操作建议
- 员工角度：在休探亲假前，应了解并确认单位的规章制度中关于年终奖发放的相关规定，以避免不必要的争议。如果对年终奖的发放有疑问或争议，应及时咨询单位的人力资源部门或相关法律专业人士（如我），以获取准确的解答和帮助。
- 用人单位角度：应制定合法合理的规章制度，并明确年终奖的发放条件和标准。在制定规章制度时，应充分考虑员工的合法权益和休假需求，避免将休探亲假等法定假期作为扣发年终奖的依据。
综上所述，休探亲假通常不应影响年终奖的发放，但具体情况还需根据用人单位的规章制度、劳动合同以及实际情况来判断。在处理相关争议时，应遵循法律法规和公平合理的原则，确保员工的合法权益得到保障。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。