休年假扣奖金通常是不合法的。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、法律依据
《职工带薪年休假条例》第二条：
- 明确规定了职工在连续工作1年以上后，有权享受带薪年休假。单位应当保证职工享受年休假，并且在年休假期间，职工应享受与正常工作期间相同的工资收入，这自然包括了作为工资组成部分的奖金。
《企业职工带薪年休假实施办法》第十一条：
- 进一步细化了工资构成的计算方式，并强调了职工在年休假期间应享受与正常工作期间相同的工资收入。这意味着，无论职工是否出勤，只要其处于年休假期间，就应获得与正常工作相同的工资待遇，包括奖金。
《中华人民共和国劳动法》第五十条：
- 规定用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。年终奖作为劳动者工资的一部分（如果劳动合同或规章制度中有明确规定），同样受到法律保护。因此，公司不能随意以休年假为由扣除员工的奖金。
二、具体情况分析
规章制度不能违背法律：
- 即使用人单位的规章制度中规定了休年假扣奖金的内容，这种规定也是违法的，不具有法律效力。因为休年假是职工的合法权利，用人单位应保障职工在休假期间的合法权益，包括正常的工资待遇和奖金。
奖金发放标准需合法：
- 虽然奖金的发放通常取决于用人单位的规章制度或与劳动者的约定，但如果规章制度中将休年假视为未出勤并影响相关考核指标，从而扣发奖金，这也是不合法的。用人单位应通过合法程序调整奖金发放标准，而不能直接扣发奖金。
例外情况：
- 如果用人单位拥有完善的奖金制度，并且该制度已经过民主程序制定并向员工公示，同时明确规定奖金与员工的出勤天数、工作业绩等具体指标挂钩，那么在年休假期间，若员工未能满足这些指标要求（这种情况较为罕见，因为年休假是职工的合法权利，不应影响其正常考核），单位在有合理依据和合法程序的情况下，扣除相应奖金可能具有一定合理性。但需注意的是，即使存在这样的奖金制度，其也必须符合法律规定，不能违反《职工带薪年休假条例》及《劳动法》的基本原则。
三、劳动者权益保护
协商：
- 如果单位存在违法扣发年休假期间奖金的行为，劳动者首先可以与用人单位进行协商，要求其补发被扣的奖金，恢复应有的待遇。
投诉：
- 若协商不成，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令单位改正并支付相应报酬。
劳动仲裁：
- 如果投诉仍未解决问题，劳动者可以依法申请劳动仲裁，通过法律途径来维护自己的合法权益。
总结与建议：
休年假扣奖金通常是不合法的，单位应确保职工在年休假期间享受完整的工资待遇，包括奖金部分。劳动者在遇到此类侵权行为时，应积极采取协商、投诉或劳动仲裁等方式来维护自己的合法权益。同时，用人单位也应遵守相关法律法规，确保职工在休假期间的合法权益得到保障。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。