结论前置：未满两年怀孕扣奖金是否合理，需分情况讨论，具体如下：

1. 从劳动合同及规章制度角度分析
   若用人单位与劳动者签订的劳动合同中，或公司依法制定的规章制度中，明确约定了“未满服务期（如两年）怀孕将扣除奖金”的条款，且该条款不违反法律强制性规定（如未违反《妇女权益保障法》《劳动合同法》中关于女职工特殊保护的规定），则用人单位可能依据该条款主张扣除奖金。但需注意，此类条款可能因“显失公平”或“排除劳动者合法权益”而被认定为无效，具体需结合条款内容及实际履行情况判断。
   若劳动合同或规章制度中无此类约定，或约定违法（如直接规定“怀孕即扣奖金”），则用人单位扣除奖金的行为缺乏合法依据，属于违法行为。

2. 从女职工特殊保护角度分析
   根据《妇女权益保障法》第二十七条及《女职工劳动保护特别规定》第五条，用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳而降低其工资、予以辞退、与其解除劳动或者聘用合同。奖金作为工资的组成部分（若属于固定发放的绩效或与劳动成果直接挂钩的奖励），用人单位不得以怀孕为由单方扣除。
   若奖金属于“非固定性、非与劳动成果直接挂钩的福利”（如年终奖、项目奖等），用人单位可能主张“根据经营状况或个人表现调整”，但需证明扣除与怀孕无关，且调整方式合理。若无法证明，仍可能被认定为违法。

3. 从举证责任角度分析
   若劳动者主张用人单位违法扣除奖金，需举证证明：

• 双方存在劳动关系；
  
• 用人单位实际扣除了奖金；
  
• 扣除奖金与怀孕存在直接关联（如用人单位明确以“未满两年怀孕”为由扣除）。
  若用人单位主张扣除奖金合法，需举证证明：
  
• 扣除依据（劳动合同、规章制度等）合法有效；
  
• 扣除行为符合约定或规定（如符合“未满服务期”的条件）；
  
• 扣除金额合理（如未超过约定或法定范围）。

建议：

• 若您面临此类情况，建议首先核查劳动合同及公司规章制度中是否有相关约定，并保留证据（如工资条、扣款通知、沟通记录等）；
  
• 若用人单位行为违法，您可依法向劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁，主张补发奖金及可能的经济补偿；
  
• 具体操作需结合案件细节，如有疑问可直接向我咨询，我将结合您的实际情况提供进一步分析。