关于单位以休年假为由扣年终奖是否合法的问题，这主要取决于劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细分析：
一、劳动合同与公司规章制度的约定
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确规定了休年假会扣除年终奖或与之相关的具体条款，那么单位在员工休年假时按照合同约定扣除年终奖是合法的。
- 但如果劳动合同中没有明确规定休年假与年终奖之间的关联，单位则不能单方面以休年假为由扣除年终奖。
公司规章制度：
- 公司的规章制度如果经过民主程序制定、公示，并且内容不违反法律法规的强制性规定，其中关于休年假扣除年终奖的规定在理论上可以被认为是有效的。
- 然而，规章制度中的扣款规定必须合理且合法，不能随意设定扣款标准或比例。扣款金额应与年假的天数和性质相匹配，避免过度惩罚员工。
二、法律法规的规定
工资支付保障：
- 根据《中华人民共和国劳动法》等相关法律法规，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。年终奖作为劳动者工资的一部分（如果劳动合同或规章制度中有明确规定），同样受到法律保护。
- 因此，如果单位没有合法依据（如劳动合同或规章制度中的明确规定）就擅自以休年假为由扣除员工的年终奖，那么这种行为可能构成对工资的克扣，从而违反法律法规。
扣款合法性界限：
- 若公司规章制度或劳动合同未明确将年假与年终奖挂钩，或扣款比例超出法定范围（如扣除后工资低于当地最低工资标准），则属于违法行为。
- 此外，单位不能因员工依法维权（如申请劳动仲裁）而扣发奖金，这种行为也构成违法。
三、实际操作的考量因素
沟通与协商：
- 在处理此类问题时，单位应与员工进行充分的沟通和协商，解释扣款的原因和依据（如果有的话），以避免引发不必要的劳动争议。
- 如果员工对扣款有异议，单位应提供合理的解释和证据支持其扣款行为。
员工权益保护：
- 员工应了解自己的合法权益，并在必要时采取适当措施维护自身权益。如果认为单位的扣款行为不合法或不合理，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
综上所述，单位以休年假为由扣年终奖是否合法取决于多个因素的综合考量。如果劳动合同或公司规章制度中有明确规定且合法合理，那么单位可以按照约定扣除年终奖；但如果没有合法依据或扣款行为不合理，则员工有权依法维护自己的权益。