怀孕期间生病请假，公司一般不应该扣工资，但具体还需根据请假类型和公司规章制度来确定。以下从不同角度为你详细分析：
一、法律层面
病假工资支付规定：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》以及各地相关的劳动法规，员工在病假期间，公司应当支付病假工资或疾病救济费。
- 病假工资的具体数额通常根据员工的工龄、工资水平以及公司的规章制度来确定，但不得低于当地最低工资标准的80%（具体比例可能因地区而异，需参照当地规定）。
孕期特殊保护：
- 怀孕女职工在孕期享有特殊的劳动保护，包括不得安排其从事国家规定的第三级体力劳动强度的劳动和孕期禁忌从事的劳动。
- 如果怀孕女职工因生病需要请假，这属于病假范畴，公司应按照病假工资的规定支付工资，而不是随意扣减。
二、公司规章制度层面
规章制度合法性：
- 公司的规章制度必须符合法律法规的规定，如果规章制度中关于病假工资的规定与法律法规相抵触，那么该规定是无效的。
- 因此，即使公司规章制度中有关于扣减病假工资的规定，如果这一规定违反了法律法规，公司也不能据此扣减怀孕女职工的病假工资。
规章制度执行：
- 如果公司的规章制度合法且明确规定了病假工资的支付方式，那么公司应按照规章制度执行。
- 但需要注意的是，规章制度不能违反法律法规的强制性规定，也不能对怀孕女职工进行歧视性对待。
三、实际操作建议
与公司沟通：
- 如果怀孕女职工因生病需要请假，建议先与公司的人力资源部门或上级领导进行沟通，了解公司的病假工资支付政策。
- 如果公司表示要扣减工资，可以要求公司出示相关的规章制度或法律法规依据。
保留证据：
- 在请假期间，建议保留好相关的医疗证明和请假记录，以备不时之需。
- 如果公司最终扣减了工资，这些证据将有助于维护自己的合法权益。
寻求法律援助：
- 如果与公司沟通无果，或者公司坚持扣减工资且没有合法依据，怀孕女职工可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
总结来说，怀孕期间生病请假，公司一般不应该扣工资。如果公司试图扣减工资，怀孕女职工应首先了解公司的规章制度和法律法规的规定，然后与公司进行沟通并保留好相关证据。如有必要，可以寻求法律援助来维护自己的合法权益。如果你还有其他关于劳动工伤（工资福利）方面的问题，可以直接向我咨询。