孕妇持有正规医疗机构出具的病假条请假，公司通常不应扣发工资，而应按照法律规定和单位规章制度支付相应的病假工资。以下是对这一问题的详细分析：

1. 病假条件与手续：

   • 孕妇因患病需要休息治疗时，应提供正规医疗机构出具的诊断证明、病假条等相关材料，并按照用人单位规定的请假流程进行申请。
   • 若孕妇符合病假条件并履行了相关手续，用人单位应批准其病假申请。

2. 病假工资支付规定：

   • 在规定的医疗期内，用人单位应支付病假工资。病假工资标准通常不得低于当地最低工资标准的80%。具体支付标准可能因地区差异、劳动合同、集体合同或用人单位的规章制度而有所不同。
   • 若劳动合同、集体合同或用人单位规章制度中对病假工资有明确约定，且该约定不低于当地最低工资标准的80%，则按约定执行。
   • 若没有相关约定，一般根据劳动者本人所在岗位（职位）正常出勤的月工资及连续工龄进行计算。例如，连续工龄不满2年的，按本人工资的60%计发；连续工龄满8年及以上的，按本人工资的100%计发。具体比例可能因地区政策而异。

3. 孕妇权益保障：

   • 孕妇作为特殊群体，其合法权益受到法律的特别保护。
   • 若用人单位违反规定扣发孕妇病假期间的工资，孕妇有权与公司进行沟通协商，要求公司纠正错误并补足工资。
   • 若协商不成，孕妇可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

4. 特殊情况说明：

   • 如果孕妇的请假不符合病假规定的条件，或者存在其他违反劳动纪律等情况，用人单位则有权根据具体情况进行相应的处理，但不能仅以孕妇请病假为由扣发工资。
   • 另外，如果孕妇在住院之前就已经开始休产假了，休产假期间，当事人是可以领到生育津贴的，而非病假工资。

综上所述，孕妇在持有正规医疗机构出具的病假条并符合用人单位请假流程的情况下，公司不应扣发工资，而应依法支付病假工资。若遇到公司违规扣发工资的情况，孕妇应依法维权，确保自己的合法权益得到保障。如有任何法律问题，可以直接向我咨询。