结论前置：公司因员工怀孕请假而扣年终奖的行为可能涉嫌违法，员工有权通过法律途径维护自身权益，但能否胜诉需结合具体情况判断。以下从法律角度分情况说明：

1. 年终奖的法律性质与发放规则

年终奖属于劳动报酬的一部分，其发放需遵循以下原则：

• 约定优先：若劳动合同、公司规章制度或集体合同中明确约定了年终奖的发放条件（如“需全年出勤”），且该条件不违反法律强制性规定（如不歧视特定群体），则公司可能依据约定调整或扣发。
• 无约定或约定违法：若未明确约定发放条件，或约定内容违法（如“怀孕员工不得享受年终奖”），则公司无权单方面扣发。

关键点：需核查劳动合同、员工手册等文件是否对年终奖有具体规定，以及规定是否合法。

2. 公司扣发年终奖的合法性分析

公司以“怀孕请假”为由扣发年终奖，可能涉及以下违法情形：

• 性别歧视：根据《妇女权益保障法》《就业促进法》，用人单位不得因结婚、怀孕、产假、哺乳等情形，降低女职工工资或福利待遇。若公司仅因怀孕扣发年终奖，而未对其他请假员工采取同样措施，可能构成性别歧视。
• 违反劳动合同或规章制度：若公司规章制度未明确将“怀孕请假”列为扣发年终奖的情形，或该制度未经民主程序制定、未公示，则扣发行为违法。
• 未足额支付劳动报酬：年终奖属于劳动报酬，公司无正当理由扣发可能违反《劳动合同法》第30条，员工可要求补发。

例外情形：若员工请假导致公司遭受重大损失（如因旷工导致项目失败），且公司能证明损失与请假直接相关，可能依据《工资支付暂行规定》扣发部分奖金，但需符合比例原则。

3. 员工可采取的维权措施

若公司行为违法，员工可通过以下途径维权：

• 协商：与公司沟通，要求说明扣发依据并补发奖金。
• 投诉：向当地劳动监察大队举报（通常需在1年内提出）。
• 仲裁/诉讼：申请劳动仲裁（时效1年），对仲裁结果不服可起诉至法院。需提供劳动合同、工资条、请假记录、公司扣发通知等证据。

建议：优先收集证据（如公司规章制度、年终奖发放记录、请假审批单等），再决定是否维权。

4. 实务中的注意事项

• 地域差异：部分地区（如广东）明确规定，女职工怀孕期间工资不得降低，年终奖作为工资组成部分应同等保护。
• 举证责任：员工需证明公司扣发与怀孕存在因果关系，公司则需证明扣发合法合理。
• 和解可能性：仲裁或诉讼前，可尝试通过劳动调解组织协商，降低维权成本。

总结：公司无权仅因怀孕请假扣发年终奖，但需结合具体证据和当地规定判断。若您遇到此类情况，可进一步提供劳动合同、公司制度等材料，我将为您分析维权方案。