孕期请假扣工资是违法的。根据《女职工劳动保护特别规定》，怀孕女职工在劳动时间内进行产前检查，所需时间计入劳动时间，若因此扣孕期女员工工资，属于违法行为。

具体来说，如果女职工在孕期因为产前检查等原因需要请假，且请假时间计入劳动时间，那么用人单位不得因此扣除其工资。这是保障女职工在孕期合法权益的重要规定，用人单位应当严格遵守。

如果用人单位违反规定，擅自扣除孕期女职工的工资，女职工可以向劳动监察部门投诉，维护自己的合法权益。同时，也可以咨询专业律师，寻求法律帮助和支持。

在我擅长的劳动纠纷领域，我遇到过很多类似的案例。因此，我强烈建议孕期女职工在请假前与用人单位明确沟通，确保自己的权益得到保障。如果遇到任何纠纷或问题，都可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议和支持。