怀孕女职工请病假超出医疗期，公司开除是否合法，不能一概而论，关键在于女职工是否遵循了合法的请假流程以及是否严重违反了用人单位的规章制度。以下从不同角度进行分析：
合法休假且未严重违规的情况
- 法律保护基础：根据《劳动合同法》及《女职工劳动保护特别规定》，女职工在孕期享有特殊的劳动保护，用人单位不得因女职工怀孕而降低其工资、予以辞退或与其解除劳动（聘用）合同。
- 请假与劳动关系存续：如果女职工怀孕请假是按照正规流程进行的，且提供了合法的请假手续（如医院诊断证明等），则这种休假属于合法行为。在此情况下，用人单位不能以此为由开除女职工。例如，女职工因怀孕需要保胎，按照公司规定提交了医院出具的病假证明，并经过了公司审批，那么公司就不能因女职工请假时间超出医疗期而开除她。
违规旷工或严重违反规章制度的情况
- 违规旷工：如果女职工请假未按公司规定的程序办理，长期旷工超过一定时间（具体时间需根据公司规章制度确定，但一般医疗期满后仍无法提供合法请假手续且未到岗工作的，可能构成旷工），且该行为严重违反了用人单位经过民主程序制定并已向劳动者公示的规章制度，那么用人单位有权依据《劳动合同法》第三十九条的规定解除劳动合同。但此操作必须严格按照法律规定的程序进行，如提前通知工会、告知劳动者解除理由等。
- 特殊病假情况与规章制度：若女职工休长期病假已超过医疗期，且既不能从事原工作也无法胜任另行安排的工作，同时公司规章制度中明确规定了此类情况的处理方式（如解除劳动合同），且该规章制度制定程序合法、内容合理并向劳动者公示，那么公司在遵守相关法律法规的前提下，可以解除劳动合同。但在此过程中，必须确保女职工的合法权益得到充分保障，如支付经济补偿金等。
公司违法开除的后果
- 法律责任：如果用人单位违法开除怀孕女职工，女职工有权要求用人单位继续履行劳动合同并恢复劳动关系。如果劳动合同已经不能继续履行或者女职工不要求继续履行的，用人单位应当按照经济补偿标准的二倍向女职工支付赔偿金。经济补偿标准根据女职工在公司的工作年限和工资水平确定。
建议：
- 对于女职工：在怀孕期间需要请假时，应提前了解公司的请假制度和流程，并按照规定办理请假手续。同时，保留好相关的医疗证明和请假记录，以备不时之需。如果因特殊原因需要长时间请假，建议提前与用人单位进行沟通并说明情况，以争取用人单位的理解和支持。
- 对于用人单位：在处理怀孕女职工的请假问题时，应充分考虑女职工的特殊权益和法律规定，确保决策的合理性和合法性。如果需要解除劳动合同，应严格按照法律规定的程序进行，并确保女职工的合法权益得到充分保障。
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