请假两个月没去上班，厂里是否会扣工资，这主要取决于请假的原因、性质以及工厂的相关规章制度。以下是从不同角度进行的分析：
一、合法请假情况下的工资处理
事假：
- 如果您请的是事假，且未经工厂批准擅自离岗，那么工厂有权按照规章制度扣除您请假期间的工资。因为事假并非法定假期，员工需要承担因个人原因请假而导致的工资损失。
- 如果您已经按照工厂规定办理了事假手续，并得到了批准，但工厂仍然扣除全部工资，这可能涉及违法。根据《劳动法》及相关规定，员工在事假期间不享受工资待遇是合理的，但工厂不应无故扣除其他未请假期间的工资。
病假：
- 如果您请的是病假，且提供了有效的医疗证明，那么工厂应当按照相关规定支付您病假期间的工资。根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工在医疗期内享有病假工资待遇，具体标准可能因地区和工厂政策而异，但通常不低于当地最低工资标准的80%。
- 如果工厂在您提供有效医疗证明的情况下仍然扣除全部工资，这可能违反了相关法律法规。
法定假期：
- 如果您请的是法定假期（如年假、婚假、产假等），且符合相关法律法规和工厂规章制度的规定，那么工厂应当全额支付您假期期间的工资。
- 如果工厂无故扣除法定假期期间的工资，这明显违反了法律法规。
二、工厂规章制度的影响
- 工厂有权根据自身情况制定规章制度，包括请假制度、工资支付制度等。如果工厂的规章制度中明确规定了请假期间的工资处理方式，且该规定不违反法律法规，那么工厂有权按照规章制度执行。
- 但是，如果工厂的规章制度违反了法律法规（如无故扣除法定假期工资），那么该规定无效，工厂不能以此为依据扣除您的工资。
三、建议与措施
核实请假性质与手续：
- 首先，您需要核实自己请假的性质（事假、病假还是法定假期）以及是否按照工厂规定办理了请假手续。
查阅工厂规章制度：
- 其次，您可以查阅工厂的规章制度，了解请假期间的工资处理方式。如果规章制度中未明确规定或规定违反法律法规，您可以向工厂提出异议。
与工厂协商或投诉：
- 如果您认为工厂扣除工资的行为不合理或违法，您可以先与工厂进行协商，寻求解决方案。如果协商无果，您可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
总结来看，请假两个月没去上班，厂里是否会扣工资取决于请假的原因、性质以及工厂的相关规章制度。如果请假合法且符合工厂规定，工厂不应无故扣除工资；如果工厂扣除工资的行为不合理或违法，您可以采取相应措施维护自己的合法权益。如果您在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。