公司明知道综合工时制度过期还与您签订劳动合同，这一行为确实存在违法性，但具体违法情形及后果需结合实际情况分析。以下是从不同角度进行的详细分析：
一、综合工时制度过期的法律意义
综合工时制度是一种特殊的工作时间安排，它允许在一定周期内（如周、月、季、年）综合计算工作时间，但平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。当综合工时制度过期后，若未重新申请并获得批准，则该制度将不再具有法律效力。此时，公司若继续按照过期的综合工时制度安排员工工作，可能构成违法。
二、公司行为的违法性分析
违反劳动合同法规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同的内容应当合法、公平、平等自愿、协商一致。若公司明知综合工时制度过期，仍将其作为劳动合同的一部分与您签订，则可能违反了劳动合同的合法性原则。
- 此外，若公司未按照法定程序重新申请综合工时制度，而是擅自继续执行，这也可能构成对劳动合同法的违反。
侵犯员工合法权益：
- 综合工时制度过期后，若公司仍按照该制度安排您工作，可能导致您的工作时间超过法定标准，从而侵犯您的休息权和健康权。
- 长期超时工作还可能对您的身心健康造成损害，公司因此可能承担相应的法律责任。
三、可能的法律后果
劳动合同无效或部分无效：
- 若公司明知综合工时制度过期仍与您签订劳动合同，且该制度作为劳动合同的重要组成部分，则该部分条款可能因违法而无效。
- 在极端情况下，若整个劳动合同都基于违法的综合工时制度，则整个劳动合同可能被认定为无效。
公司承担法律责任：
- 公司可能因违反劳动合同法而面临劳动行政部门的处罚，如罚款、责令改正等。
- 若因公司违法行为导致您遭受损失（如超时工作导致的健康损害），您还有权要求公司承担赔偿责任。
四、建议与措施
与公司沟通：
- 您可以首先尝试与公司沟通，要求公司重新申请综合工时制度或调整工作时间安排，以确保您的合法权益不受侵害。
向劳动行政部门投诉：
- 若公司拒绝改正或无法达成一致，您可以向当地劳动行政部门投诉，要求其对公司的违法行为进行调查和处理。
寻求法律援助：
- 在必要时，您可以寻求法律援助或咨询专业律师，以了解您的法律权益和可能的维权途径。
最后需要强调的是，每个具体案件的情况都有所不同，因此在处理此类问题时，建议您根据实际情况采取相应的措施，并直接向我咨询以获取更具体的法律建议。