关于您提出的“自身疾病医疗期满后不能工作，解除合同如何赔偿”的问题，以下是根据相关法律法规整合的详细解答：
一、基本法律依据与原则
根据《中华人民共和国劳动合同法》第40条、第46条和第47条的规定，当劳动者因患病或非因工负伤，在规定的医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作时，用人单位可以依法解除劳动合同，并需支付经济补偿金。
二、合法解除合同的赔偿
经济补偿金的计算：
- 经济补偿金按照劳动者在本单位工作的年限来支付，具体为每满一年支付一个月工资的标准。
- 如果工作时间在六个月以上但不满一年，按一年计算；不满六个月的，则支付半个月工资的经济补偿。
- 这里的“月工资”指的是劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。
- 如果劳动者的月工资高于当地职工月平均工资的三倍，经济补偿金的标准将按职工月平均工资三倍的数额支付，但最高不超过十二年。
医疗补助费（根据地方规定）：
- 在某些地区，用人单位还需支付不低于劳动者本人六个月工资收入的医疗补助费。
- 对于患重病或绝症的劳动者，医疗补助费会相应增加，具体增加比例根据地方规定执行（如患重病的增加部分不低于医疗补助费的百分之五十，患绝症的增加部分不低于医疗补助费的百分之百）。
三、违法解除合同的赔偿
- 如果用人单位未按照法定程序（如未提前通知或未额外支付工资）解除劳动合同，则属于违法解除。
- 在这种情况下，用人单位需按照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
四、特殊情况处理
- 医疗期内：如果劳动者仍处于医疗期内，用人单位不得解除劳动合同。
- 特殊劳动者保护：包括从事接触职业病危害作业的劳动者、因工负伤并被确认丧失或部分丧失劳动能力的劳动者，以及女职工在孕期、产期、哺乳期等特殊情况下的保护。
五、实际操作建议
- 对于用人单位来说，在解除劳动合同时应严格遵守法律法规，确保程序的合法性。
- 对于劳动者来说，应了解自己的权益，并在必要时寻求法律援助以维护自身合法权益。
综上所述，医疗期满后若因自身疾病不能工作而解除劳动合同的赔偿问题，需根据具体情况确定是合法解除还是违法解除，并据此支付相应的经济补偿金或赔偿金。同时，用人单位还需注意特殊劳动者的保护和可能产生的医疗补助费责任。希望这些信息能对您有所帮助。