针对您提出的问题，即公司厂名、股东、法人代表都已更换，员工又重新办理入职，之后又要办理离职手续是否合法，以下是我的详细解答：
首先，结论上，这种操作在法律上并非直接违法，但需符合相关法律法规和劳动合同的规定。
分析说明：
公司变更的法律影响：
- 公司厂名、股东、法人代表的变更，通常涉及公司的重组、并购或股权转让等法律行为。这些变更在公司法层面是允许的，并需按照相关法规进行登记和公告。
- 此类变更并不直接影响公司与员工之间的劳动关系，除非劳动合同中有特别约定或法律法规有明确规定。
重新办理入职的法律性质：
- 重新办理入职可能意味着原劳动合同已经终止，或者双方协商一致对原劳动合同进行了变更。
- 如果原劳动合同仍然有效，且公司变更并未导致劳动合同无法履行，那么重新办理入职可能并非法律上的必要步骤。此时，公司要求员工重新办理入职可能涉及对原劳动合同的解除和重新签订，需确保这一过程的合法性。
离职手续的法律要求：
- 离职手续是员工离开公司时必须履行的程序，包括工作交接、财务结算、社保和公积金的转移等。
- 无论员工是因何种原因离职，公司都有义务按照法律法规和劳动合同的规定为员工办理离职手续。
合法性的判断：
- 要判断这一系列操作是否合法，需考虑公司变更的合法性、重新办理入职的合理性以及离职手续是否符合法律法规和劳动合同的规定。
- 如果公司在变更过程中遵守了相关法律法规，且重新办理入职和离职手续均符合劳动合同和法律法规的要求，那么这一系列操作就是合法的。
法律建议：
- 作为员工，在面对公司变更和重新办理入职等情况时，应仔细审查劳动合同和公司变更的相关文件，确保自己的权益不受损害。
- 如果对公司变更或重新办理入职等事项有疑问或不满，应及时与公司沟通协商，必要时可寻求法律援助或向劳动监察部门投诉。
- 在离职时，应确保公司按照法律法规和劳动合同的规定为自己办理离职手续，并妥善保管好相关证明文件。
综上所述，公司厂名、股东、法人代表的更换以及重新办理入职和离职手续本身并非直接违法，但需确保整个过程的合法性和合规性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。