在三方公司干了两周，公司应当依法为员工缴纳社会保险，这是合法的。具体分析如下：

1. 法律规定：根据《中华人民共和国社会保险法》的规定，用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。这意味着，从员工入职的第一天起，用人单位就有义务为其办理社会保险。

2. 实际操作：在实际操作中，虽然有些公司可能会有试用期等规定，并在试用期内不立即为员工缴纳社会保险，但这并不符合法律的规定。试用期并非用人单位规避缴纳社会保险义务的借口。

3. 两周的工作时间：对于您提到的在三方公司干了两周的情况，如果这两周时间内您与公司建立了正式的劳动关系，那么公司就应当依法为您缴纳社会保险。

综上所述，无论员工在三方公司工作多长时间，只要建立了正式的劳动关系，公司就有义务为其缴纳社会保险。如果公司未依法为您缴纳社会保险，您可以与公司沟通要求补缴，或者向当地社会保险经办机构投诉举报。