结论：公司这种做法一般不合法，但存在一些特殊情况可能合法，以下为你详细分析：
- 通常情况下不合法
- 根据我国《工资支付暂行规定》，劳动者在法定工作时间内提供了正常劳动，用人单位应当按照劳动合同约定的标准支付工资。即使劳动者请了三个月的假，如果请假事由符合法律规定或者公司规章制度规定，比如因病请假（有医院开具的病假证明）、依法享受婚假、产假、丧假等，公司应当支付相应的工资。
- 例如，员工因生病住院，按照公司规定和法律规定享有一定期限的病假，在病假期间公司不能随意停发工资。如果公司不发工资，就违反了上述规定，劳动者可以向劳动监察部门投诉，要求公司支付工资，也可以申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
- 特殊情况可能合法
- 如果劳动者请的是事假，事假期间用人单位可以不支付工资。因为事假是劳动者因个人原因向用人单位申请的假期，在事假期间劳动者没有为用人单位提供劳动，所以用人单位可以不支付工资。不过，公司扣除工资也应当遵循一定的原则和程序，不能随意扣除。比如，有些公司规定事假一天扣除当天工资，这种规定如果合理且不违反法律法规的强制性规定，是可以的。
- 另外，如果劳动者严重违反公司规章制度，公司依据规章制度对其作出停职停薪处理，且该规章制度经过了民主程序制定、公示，内容不违反法律法规的强制性规定，那么公司不发工资可能是合法的。但这种情况比较复杂，需要综合多方面因素来判断，比如规章制度的合法性、劳动者违规的严重程度等。
建议：你可以先查看公司的规章制度以及劳动合同中关于请假和工资支付的相关条款，了解公司不发工资的具体原因。如果认为公司的做法不合理，你可以收集相关证据，如请假申请、劳动合同、工资条等，向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的权益。如果你还有其他疑问，欢迎随时向我咨询。