结论：公司因员工未参加16点班后的免费开会或培训而罚款50元的行为，很可能是违法的。以下从多个角度进行分析：
关于工作时间与加班：
- 根据《劳动法》及相关规定，员工的工作时间应由劳动合同或公司规章制度明确规定，且每日工作时间一般不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时。若公司安排的开会或培训时间超出了正常工作时间，且未与员工协商一致或未支付加班费，则可能构成违法加班。
- 在您描述的情况下，如果16点班后的开会或培训是公司额外安排的，且未计入正常工作时间，也未支付加班费，那么公司要求员工参加并罚款的行为就缺乏法律依据。
关于罚款的合法性：
- 根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，公司不得随意对员工进行罚款。罚款通常属于行政处罚范畴，而公司并非行政机关，不具备罚款的权力。
- 除非公司规章制度中明确规定了员工未参加特定活动（如开会、培训）的罚款条款，且该规章制度已经过民主程序制定、公示并告知员工，否则公司无权对员工进行罚款。
- 即便公司规章制度中有相关罚款条款，也需确保罚款的合理性、合法性，且罚款金额不得过高，否则可能因显失公平而被认定为无效。
关于员工权益保护：
- 员工有权拒绝公司违法安排的加班或额外活动，并有权要求公司支付合法的加班费或补偿。
- 如果公司因员工拒绝参加而对其进行罚款或采取其他不利措施，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
建议：
- 首先，您可以与公司沟通，了解开会或培训的具体内容、目的以及是否计入工作时间或支付加班费等情况。
- 如果公司坚持要求您参加并罚款，您可以要求公司出示相关的规章制度依据，并评估该规章制度的合法性和合理性。
- 若公司无法提供合法依据或规章制度存在违法情形，您可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果公司行为被认定为违法，劳动监察部门可能会责令公司改正违法行为、支付加班费或补偿金，并可能对公司进行行政处罚。
- 在劳动仲裁或诉讼中，如果员工胜诉，公司可能需要承担赔偿损失、支付罚款等法律责任。
总之，公司因员工未参加额外安排的开会或培训而罚款的行为很可能违法。如果您遇到此类情况，建议及时与公司沟通并寻求法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。