结论：厂里以“自离”为由进行罚款是否合法，需分情况讨论，具体如下：

1. 若“自离”行为本身违反了厂里的规章制度，且该制度合法有效
   根据《劳动合同法》第四条，用人单位的规章制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会或职工代表协商），且内容不违反法律、行政法规及政策规定，同时需向劳动者公示（如培训、签字确认、公告栏张贴等）。若厂里的“自离罚款”制度满足上述条件，且你确实存在未经批准擅自离职的行为，厂里可能依据制度扣除部分工资，但扣除金额需符合《工资支付暂行规定》第十六条的限制——每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。若罚款金额超过此限制，则属于违法行为。

2. 若“自离罚款”制度本身不合法，或厂里未履行法定程序
   若厂里的规章制度未经过民主程序制定、未公示，或罚款条款违反法律强制性规定（如直接扣除全部工资、要求劳动者支付违约金等），则该制度无效，厂里无权以“自离”为由罚款。此时，你有权要求厂里返还被扣除的工资，若厂里拒绝，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

3. 若“自离”行为未给厂里造成实际损失，罚款可能被认定违法
   根据《劳动合同法》第九十条，劳动者违法解除劳动合同给用人单位造成损失的，需承担赔偿责任，但赔偿范围仅限于“实际损失”。若厂里无法证明你的“自离”行为导致其遭受了直接经济损失（如订单延误、客户流失等），却以“自离”为由罚款，则可能被认定为“克扣工资”，属于违法行为。

建议：

• 首先核实厂里的“自离罚款”制度是否经过民主程序制定、是否公示，以及罚款金额是否符合法律规定；
  
• 若制度不合法或罚款金额超标，可与厂里协商要求返还工资，协商不成可向劳动监察部门投诉（拨打12333）或申请劳动仲裁；
  
• 若厂里能证明你的“自离”行为导致其遭受实际损失，需根据损失金额协商赔偿，但赔偿金额不得超过你的月工资的20%（且扣除后工资不低于最低工资标准）。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程或证据收集方法。