工厂以员工自离为由进行罚款，一般是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：
从罚款的法律依据角度
根据我国《行政处罚法》的规定，罚款属于行政处罚的一种，只有具有行政处罚权的行政机关在法定职权范围内才能实施。工厂作为用人单位，并非行政机关，不具有行政处罚权，因此无权对员工进行罚款。
从劳动合同和规章制度角度
即使工厂在劳动合同或规章制度中规定了员工自离要罚款的条款，这种条款也可能因违反法律强制性规定而无效。根据《劳动合同法》的规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。并且，规章制度不能违反法律、行政法规及政策规定。工厂以自离为由罚款的规定，显然违反了法律关于罚款权主体的规定，因此是无效的。
从员工自离的法律后果角度
员工自离（即擅自离职）确实可能给工厂造成一定的损失，但工厂不能通过罚款的方式来弥补损失。根据《工资支付暂行规定》的规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。这意味着，即使员工自离给工厂造成了损失，工厂也只能按照法律规定的方式从员工工资中扣除一定比例作为赔偿，而不能直接罚款。
建议：
如果工厂以自离为由对你进行了罚款，你可以先与工厂协商，要求其退还罚款。如果协商无果，你可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。