工厂自离扣钱是否合法，主要取决于自离行为是否给工厂造成了实际损失，以及工厂在扣除工资时是否遵循了法定程序和限额规定。以下是对这一问题的详细分析：
一、自离与工资支付的基本原则
劳动者有取得劳动报酬的权利，这是法律赋予的基本权益。员工自离虽然可能违反了劳动合同中关于离职程序的规定，但并不意味着工厂可以随意克扣其工资。工资是劳动者付出劳动后应得的报酬，除非有合法理由，否则工厂不得无故克扣。
二、合法扣工资的情况
造成实际损失：
- 如果员工的自离行为确实给工厂造成了实际损失，如因未完成工作交接导致业务中断、数据丢失等，工厂有权要求员工赔偿。这种赔偿应通过合法合理的方式进行，如按照双方事先的约定或依据实际损失情况来确定赔偿金额。
- 法律依据：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
违反服务期或竞业限制约定：
- 若工厂为劳动者提供了专项培训费用，并与其订立了服务期协议，而劳动者在服务期内自离，违反了服务期约定，那么劳动者应当按照约定向工厂支付违约金。但违约金的数额不得超过工厂提供的培训费用，且扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。
- 若工厂与劳动者约定了竞业限制条款，且劳动者自离后违反了竞业限制约定，如到与原工厂有竞争关系的单位工作，那么工厂有权要求其支付违约金，并从工资中扣除相应金额。
三、不合法扣工资的情况
- 如果劳动者自离并未对工厂造成实际损失，或者虽然造成了损失但工厂未按照法定程序和限额进行扣除，那么工厂的扣工资行为是不合法的。
- 具体情形：工厂若无上述法定情形，仅因员工自离就随意扣减工资，属于违法行为。工资是劳动者提供劳动的报酬，工厂应按劳动合同约定和国家规定及时足额支付。
四、维权途径
如果工厂无故克扣工资，劳动者可以通过以下途径来维护自身权益：
- 协商：首先尝试与工厂进行协商，要求足额支付工资。
- 投诉：若协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令工厂改正。
- 仲裁与诉讼：如果投诉仍未解决问题，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁结果不服的，还可以向人民法院提起诉讼。
五、其他注意事项
- 无论员工是否自离，工厂都应支付员工已提供劳动部分的工资。即如果员工在离职前已经为工厂工作了一段时间，工厂应该按照员工实际出勤的天数支付工资。
- 工厂在制定规章制度时，应确保规章制度经过民主程序制定并向员工公示，否则可能因缺乏合法性而无法作为扣工资的依据。
总结来说，工厂自离扣钱并非一概而论地合法或不合法，而是需要根据具体情况来判断。劳动者在遇到此类问题时，应了解自己的权益和维权途径，确保自身合法权益不受侵害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。