工厂自离是否扣工资，需根据具体情况判断。一般情况下，单位不得无故克扣工资；但在特殊情形下，如给单位造成经济损失或未提前通知离职，单位可以合理扣除部分工资。以下是对这一问题的详细分析：

一、一般情况下的工资支付

根据《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》以及《工资支付暂行规定》，劳动者提供正常劳动后，用人单位有义务按月以货币形式支付相应的工资报酬。这意味着，即使劳动者选择自行离职（自离），对于其实际工作期间所产生的劳动成果，用人单位也应当按照约定支付工资，不得无故克扣或拖欠。

二、特殊情形下的工资扣除

1. 给单位造成经济损失：

   • 如果劳动者的自离行为给用人单位造成了直接经济损失，且用人单位能够证明损失金额，那么用人单位有权要求劳动者进行赔偿。这种赔偿可以从劳动者的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则用人单位需按最低工资标准支付。

2. 未提前通知的代通知金：

   • 如果劳动合同中有明确约定，劳动者未提前通知用人单位而擅自离职需要支付相当于一定时间工资的代通知金，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位可以依据约定扣除相应金额。然而，需要注意的是，各地司法实践对于这种约定的效力认定可能存在差异。

三、劳动者的权益保障与维权途径

• 权益保障：用人单位在扣除工资时，必须有明确的法律依据或合同约定，并且要遵循法定程序。如果劳动者认为用人单位克扣工资的行为不合理或不合法，首先可以与用人单位协商解决；协商不成的，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

• 维权途径：

  1. 与工厂沟通协商：主动与工厂的人力资源部门或相关负责人联系，说明自离的具体原因，并指出工厂扣工资可能违反了相关法律规定。
  2. 寻求内部调解：若直接沟通未能解决问题，可尝试寻求工厂内部的劳资纠纷调解机构帮助。
  3. 向劳动监察部门投诉：若内部调解无效，应向当地劳动监察部门投诉，并准备好劳动合同、工资条、考勤记录等相关证据材料。
  4. 申请劳动仲裁：若对劳动监察部门的处理结果不满，可在一年内（从知道或应当知道权利被侵害之日起计算）向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
  5. 提起诉讼：若对仲裁裁决结果不服，可在规定时间内向人民法院提起诉讼。但诉讼程序相对复杂且耗时，需谨慎考虑。

四、建议与预防措施

• 完善规章制度：工厂应建立健全的规章制度，明确劳动者自离的处理方式和责任承担方式，确保在处理类似情况时能够有法可依、有章可循。
• 加强沟通与协商：在劳动者出现自离情况时，工厂应及时与其进行沟通协商，了解原因并寻求解决方案。
• 依法处理纠纷：如果双方无法就自离问题达成一致意见，工厂应依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼，通过法律途径解决纠纷。

综上所述，自离是否会扣工资并非一概而论，而是需要根据具体情况来判断。在任何情况下，用人单位都应遵守法律规定，确保劳动者的合法权益不受侵害。同时，劳动者也应了解自己的权利和义务，在遇到问题时及时寻求法律帮助。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。