工厂自离扣员工工资是否违法，需分情况讨论：

1. 若工厂扣工资的行为缺乏合法依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，工厂在没有任何合法理由的情况下，不能随意扣除员工的工资。
   • 如果工厂以员工自离为由，擅自扣除工资，且这种扣除没有法律依据或劳动合同中的明确约定，那么这种行为就是违法的。员工有权要求工厂全额支付被扣除的工资，并可能依据相关法律法规要求工厂支付赔偿金。

2. 若工厂扣工资的行为有合法依据：

   • 如果劳动合同中明确约定了员工自离时工厂可以扣除一定比例的工资作为违约金或赔偿金，且这种约定不违反法律法规的强制性规定，那么工厂在员工自离时按照约定扣除工资可能是合法的。但需要注意的是，根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者约定的违约金数额不得超过用人单位提供的培训费用，且对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。除此之外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。因此，工厂不能随意设定高额的违约金或赔偿金。
   • 另外，如果员工自离给工厂造成了实际的经济损失，且这种损失是由于员工的故意或重大过失造成的，工厂可以要求员工赔偿损失。但赔偿的数额应当合理，且需要工厂提供充分的证据来证明损失的存在和数额。在这种情况下，工厂扣除的工资应当与员工造成的损失相当，不能超出损失的范围。

法律建议：

• 对于员工而言，如果工厂擅自扣除工资，应首先与工厂进行协商，要求工厂全额支付被扣除的工资。如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
• 对于工厂而言，应严格遵守法律法规的规定，不得随意扣除员工的工资。如果需要在劳动合同中约定违约金或赔偿金条款，应确保条款的合法性和合理性，并明确告知员工。同时，在员工自离时，应妥善处理相关事宜，避免引发不必要的法律纠纷。

可能后果：

• 如果工厂擅自扣除工资且被认定为违法行为，工厂可能需要支付被扣除的工资、赔偿金以及可能面临的行政处罚等后果。
• 如果员工自离给工厂造成了实际损失且工厂能够提供充分证据证明，员工可能需要承担相应的赔偿责任。但赔偿的数额应合理且与损失相当。

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