结论：工厂自离扣20%工资是否合法，主要取决于劳动者的自离行为是否给用人单位造成了实际损失，并且用人单位在扣除工资时是否符合法定程序和限额规定。
详细分析：
自离与工资支付的基本原则：
- 劳动者有取得劳动报酬的权利，这是法律赋予的基本权益。员工自离虽然可能违反了劳动合同中关于离职程序的规定，但并不意味着用人单位可以随意克扣其工资。工资是劳动者付出劳动后应得的报酬，除非有合法理由，否则用人单位不得无故克扣。
合法扣工资的情况：
- 造成实际损失：如果员工的自离行为确实给用人单位造成了实际损失，如因未完成工作交接导致业务中断、数据丢失等，用人单位有权要求员工赔偿。这种赔偿应通过合法合理的方式进行，如按照双方事先的约定或依据实际损失情况来确定赔偿金额。
- 扣除限额与最低工资标准：在扣除赔偿金时，用人单位需遵守以下规定：
- 每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。
- 若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则应按最低工资标准支付。
举例：假设员工当月工资为5000元，因自离给工厂造成损失，工厂依法扣除赔偿金时，最多只能扣除1000元（即5000元的20%），且扣除后员工剩余工资不得低于当地最低工资标准。
不合法扣工资的情况：
- 如果劳动者自离并未对用人单位造成实际损失，或者虽然造成了损失但用人单位未按照法定程序和限额进行扣除，那么用人单位的扣工资行为是不合法的。在这种情况下，劳动者有权要求用人单位足额支付工资。
维权途径：
- 如果用人单位无故克扣工资，劳动者可以通过以下途径来维护自身权益：
- 协商：首先尝试与用人单位进行协商，要求足额支付工资。
- 投诉：若协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令用人单位改正。
- 仲裁与诉讼：如果投诉仍未解决问题，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁结果不服的，还可以向人民法院提起诉讼。
其他注意事项：
- 无论员工是否自离，公司都应支付员工已提供劳动部分的工资。即如果员工在离职前已经为公司工作了一段时间，公司应该按照员工实际出勤的天数支付工资。
建议：
- 如果您认为工厂扣工资的行为不合法，首先尝试与工厂进行协商，要求足额支付工资。
- 如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 在整个过程中，保留好相关证据，如工资条、劳动合同、工作记录等，以便在需要时提供证明。
如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律帮助。