工厂自离扣工资是否合法，主要取决于劳动者的自离行为是否给用人单位造成了实际损失，并且用人单位在扣除工资时是否符合法定程序和限额规定。以下是对这一问题的详细分析：

一、自离与工资支付的基本原则

劳动者有取得劳动报酬的权利，这是法律赋予的基本权益。员工自离虽然可能违反了劳动合同中关于离职程序的规定，但并不意味着用人单位可以随意克扣其工资。工资是劳动者付出劳动后应得的报酬，除非有合法理由，否则用人单位不得无故克扣。

二、合法扣工资的情况

1. 造成实际损失：

   • 如果员工的自离行为确实给用人单位造成了实际损失，如因未完成工作交接导致业务中断、数据丢失等，用人单位有权要求员工赔偿。
   • 这种赔偿应通过合法合理的方式进行，如按照双方事先的约定或依据实际损失情况来确定赔偿金额。
   • 扣除限额与最低工资标准：在扣除赔偿金时，用人单位需遵守以下规定：
     • 每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。
     • 若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则应按最低工资标准支付。

2. 特定情形下的合法扣除：

   • 若劳动者违反服务期约定或竞业限制约定，用人单位有权根据合同约定扣除相应违约金，但同样需遵守上述扣除限额和最低工资标准的规定。

三、不合法扣工资的情况

• 如果劳动者自离并未对用人单位造成实际损失，或者虽然造成了损失但用人单位未按照法定程序和限额进行扣除，那么用人单位的扣工资行为是不合法的。
• 在这种情况下，劳动者有权要求用人单位足额支付工资，并可以通过法律途径维护自己的合法权益。

四、维权途径

如果用人单位无故克扣工资，劳动者可以通过以下途径来维护自身权益：

1. 协商：首先尝试与用人单位进行协商，要求足额支付工资。
2. 投诉：若协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令用人单位改正。
3. 仲裁与诉讼：如果投诉仍未解决问题，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求对仲裁结果不服的，还可以向人民法院提起诉讼。

五、其他注意事项

• 无论员工是否自离，公司都应支付员工已提供劳动部分的工资。即如果员工在离职前已经为公司工作了一段时间，公司应该按照员工实际出勤的天数支付工资。
• 劳动者在离职时，应尽可能与用人单位做好工作交接，以减少因自离可能带来的损失和纠纷。

总结来说，工厂自离扣工资并非一概而论地合法或不合法，而是需要根据具体情况来判断。如果劳动者的自离行为给用人单位造成了实际损失，并且用人单位在扣除工资时符合法定程序和限额规定，那么这种扣除是合法的。否则，劳动者有权要求用人单位足额支付工资，并通过法律途径维护自己的合法权益。如果您有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。