结论：自离工资全扣一般是不合法的。除非用人单位能证明劳动者的擅自离职行为给其造成了实际经济损失，并依据相关规定扣除部分工资作为赔偿，否则应按时足额支付劳动者的工资。以下从多个角度进行分析：
一、自离与工资支付的基本原则
劳动者有取得劳动报酬的权利，这是法律赋予的基本权益。员工自离虽然可能违反了劳动合同中关于离职程序的规定，但并不意味着用人单位可以随意克扣其工资。工资是劳动者付出劳动后应得的报酬，除非有合法理由，否则用人单位不得无故克扣。
二、合法扣工资的情况
造成实际损失：
- 如果员工的自离行为确实给用人单位造成了实际损失，如因未完成工作交接导致业务中断、数据丢失等，用人单位有权要求员工赔偿。
- 这种赔偿应通过合法合理的方式进行，如按照双方事先的约定或依据实际损失情况来确定赔偿金额。
- 扣除限额与最低工资标准：在扣除赔偿金时，用人单位需遵守以下规定：
- 每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。
- 若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则应按最低工资标准支付。
劳动合同或规章制度有明确约定：
- 如果劳动合同或公司规章制度明确规定，劳动者辞职需提前一定期限（如30天）书面通知用人单位，否则将承担相应责任（如扣发工资作为违约金）。
- 在这种情况下，如果劳动者未履行提前通知义务而擅自离职，用人单位有权根据规定扣除部分工资。但需注意，这种扣除必须基于合法的规章制度和明确的合同约定，且扣除的部分需符合上述限额和最低工资标准的规定。
三、不合法扣工资的情况
无法律依据的扣款：
- 用人单位不能仅凭“自离”这一行为就随意扣除劳动者的全部或部分工资。
- 除非有明确的法律规定或合同约定，否则用人单位无权单方面决定扣除劳动者的工资。
违反法定程序的扣款：
- 即使劳动者存在过错，用人单位在扣除工资时也必须遵循法定程序。
- 例如，应事先告知劳动者扣款的原因、依据和金额，并听取劳动者的意见和申辩。未经法定程序，用人单位不得擅自扣除劳动者的工资。
四、维权途径
如果用人单位无故克扣工资，劳动者可以通过以下途径来维护自身权益：
- 协商：首先尝试与用人单位进行协商，要求足额支付工资。
- 投诉：若协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令用人单位改正。
- 仲裁与诉讼：如果投诉仍未解决问题，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求对仲裁结果不服的，还可以向人民法院提起诉讼。
五、法律依据
- 《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 《工资支付暂行规定（1994年版）》第十六条：因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
综上所述，自离工资全扣一般是不合法的，除非用人单位能证明劳动者的擅自离职行为给其造成了实际经济损失，并依据相关规定扣除部分工资作为赔偿。劳动者在面临此类问题时，应知晓自己的权益，并通过合法途径进行维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。