自动离职扣工资20%一般是不合法的，但存在特定情形时可能合法。以下是对这一问题的详细分析：
一、自动离职与工资支付的基本原则
根据我国《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，劳动者依法享有取得劳动报酬的权利。这意味着，无论劳动者以何种方式离职（包括自动离职），用人单位都应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。因此，在一般情况下，用人单位不得因劳动者自动离职而扣减其工资。
二、合法扣工资的情况
尽管一般情况下不得扣减工资，但在以下特定情形下，用人单位扣除工资可能是合法的：
造成实际损失：
- 如果劳动者的自动离职行为确实给用人单位造成了实际损失，如因未完成工作交接导致业务中断、数据丢失等，用人单位有权要求劳动者赔偿。
- 这种赔偿应通过合法合理的方式进行，如按照双方事先的约定或依据实际损失情况来确定赔偿金额。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
代扣代缴费用：
- 用人单位有权代扣代缴应由劳动者个人负担的各项社会保险费用、个人所得税等法律规定的费用。但这与自动离职扣工资的情况不直接相关。
特殊约定：
- 如果双方在劳动合同中有特殊约定，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，同时遵循公平合理原则，那么可以按照约定执行。但此类特殊约定需确保不损害劳动者的合法权益，且扣减比例和条件需明确合理。不过，仅因自动离职就约定扣减20%工资，很可能被视为不合理约定。
三、不合法扣工资的情况及维权途径
- 不合法情况：如果劳动者自动离职并未对用人单位造成实际损失，或者虽然造成了损失但用人单位未按照法定程序和限额进行扣除（如扣减比例超过20%或扣除后工资低于最低工资标准），那么用人单位的扣工资行为是不合法的。
- 维权途径：
- 协商解决：首先尝试与用人单位进行协商，要求其说明扣工资的原因，并足额支付被扣减的工资。
- 向劳动监察部门投诉：若协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉。劳动监察部门会责令用人单位限期支付克扣的工资，并可能要求用人单位按应付金额的一定比例向劳动者加付赔偿金。
- 申请仲裁与诉讼：劳动者还可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付拖欠的工资及经济补偿。在申请仲裁时，需提供充分的证据如劳动合同、工资条等。如果仲裁裁决书生效后用人单位仍不履行义务，劳动者可以向法院申请强制执行。
四、其他注意事项
- 无论劳动者以何种方式离职，公司都应支付劳动者已提供劳动部分的工资。即如果劳动者在离职前已经为公司工作了一段时间，公司应该按照劳动者实际出勤的天数支付工资。
- 劳动者在离职时应尽量与用人单位做好工作交接，以减少因离职可能给用人单位带来的损失，从而避免不必要的纠纷。
总结来看，除非存在特定情形（如造成实际损失且扣减比例和条件合法合理）或劳动合同中的特殊约定（且该约定不违反法律法规的强制性规定），否则用人单位在劳动者自动离职时扣20%工资是不合法的。劳动者应了解自己的合法权益，并在必要时采取适当的措施来维护这些权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。