员工自动离职，公司扣钱是否合法，主要取决于扣钱的理由和方式是否符合法律法规。 以下是对此问题的详细分析：
一、不合法的情况
随意克扣工资：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。如果公司仅仅因为员工自动离职就扣钱，没有合理依据和法律规定，这种做法是违法的。例如，员工未提前通知但已实际离职，公司却无故扣除员工当月工资的一定比例，这侵犯了员工获得劳动报酬的权利。
违法设定违约金或不合理扣款：
- 除法定情形（如员工违反服务期约定、竞业限制约定或给公司造成经济损失等）外，公司不得随意设定违约金或进行不合理扣款。如果公司在不符合上述法定情形下，因员工自动离职而扣钱作为违约金或以其他不合理理由扣款，是不合法的。
二、合法的情况
员工违反服务期约定：
- 当用人单位为劳动者提供专项培训费用，并进行专业技术培训，同时与劳动者约定了服务期时，若劳动者在服务期未满时自动离职，用人单位可以要求劳动者按约定支付违约金。但违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
违反竞业限制约定：
- 若员工与公司签订了竞业限制协议，在离职后违反该约定，到与原单位有竞争关系的其他单位工作或自己开业从事同类业务，公司有权要求员工支付违约金。
员工给公司造成经济损失：
- 如果员工在自动离职过程中，因故意或重大过失给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿可从员工工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。例如，员工因疏忽导致公司设备损坏，公司可按规定从其工资中扣除相应的赔偿款。
公司有明确的规章制度且合法合理：
- 如果公司有经过民主程序制定并向员工公示的明确规章制度，规定在员工自动离职时可扣除一定款项（如未完成工作交接的罚款等），且扣除方式符合法律法规，那么这种扣除可能是合法的。但同样需要确保扣除的金额和方式合法合理，不得侵犯员工的合法权益。
三、员工权益保护
- 如果公司无正当理由扣除了员工的工资，员工可以通过以下途径维护自己的权益：
- 首先尝试与公司协商解决，要求返还被扣款项。
- 向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门调查并处理。
- 如果问题仍未解决，员工可以申请劳动仲裁或向法院提起诉讼，要求公司支付被扣除的工资及相应的赔偿。
总结来说，员工自动离职时，公司扣钱是否合法需根据具体情况判断。员工应了解自己的合法权益，并在遇到不法行为时及时采取措施维护自身权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。