结论：甲公司签劳动合同但由乙公司发工资交社保，这种操作是否合法不能一概而论，需分情况讨论。

1. 关联企业间的委托操作：如果甲公司和乙公司是关联企业（例如母子公司、总分机构等），且双方存在明确的委托协议，约定由乙公司代甲公司发放工资和缴纳社保，同时劳动合同中明确告知劳动者这一安排，且劳动者的实际用工管理仍由甲公司负责，那么这种操作是合法的。这种情况下，乙公司的行为属于代理行为，法律责任仍由甲公司承担。

2. 非关联企业间的操作：如果甲公司和乙公司没有关联关系，且没有明确的委托协议，这种操作可能存在法律风险。具体来说：

   • 工资支付问题：根据《工资支付暂行规定》，工资应当由用人单位直接支付给劳动者。如果乙公司代发工资，但没有合法依据，可能被视为未及时足额支付工资，劳动者有权要求甲公司支付工资并可能主张经济补偿。
   • 社保缴纳问题：根据《社会保险法》，用人单位应当自行申报、按时足额缴纳社会保险费。如果乙公司代缴社保，但社保缴费基数、缴费比例等不符合规定，或者未以甲公司名义缴纳，可能导致劳动者的社保权益受损，甲公司仍需承担法律责任。
   • 劳动关系认定问题：如果劳动合同由甲公司签订，但工资和社保由乙公司处理，可能导致劳动关系认定混乱。在发生劳动争议时，可能被认定为乙公司与劳动者存在事实劳动关系，甲公司反而可能被排除在外。

3. 特殊情况：劳务派遣或外包：如果甲公司是劳务派遣单位或外包单位，将劳动者派遣或外包至乙公司工作，那么由乙公司发放工资和缴纳社保是合法的，但需符合《劳动合同法》《劳务派遣暂行规定》等相关法律法规的要求，例如劳务派遣单位应当与劳动者签订劳动合同，乙公司作为用工单位需履行相应义务。

建议：

• 如果甲公司和乙公司是关联企业，建议签订明确的委托协议，并在劳动合同中告知劳动者这一安排，确保工资和社保的缴纳符合规定。
• 如果甲公司和乙公司没有关联关系，建议避免这种操作，或通过劳务派遣、外包等合法方式处理。
• 劳动者在遇到这种情况时，应仔细阅读劳动合同，了解工资和社保的支付主体，必要时可向当地劳动监察部门咨询或投诉。

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